在植物病理学研究领域，基因表达分析技术已经广泛的应用于病原菌的检测、转基因植物的检测、植物病原物互作机理的研究以及植物抗病信号转导研究等方面，使植物病理学研究者根据不同时期基因表达的变化，揭示植物抗感病机理虽然目前还有一些问题需要解决，但是相信随着各种基因表达研究方法的不断完善和改进，在植物病理学研究上将会有越来越广泛的应用。

随着分子生物学、植物病理学及基因工程技术的迅猛发展，运用基因工程手段提高植物的抗病性，为抗病育种开辟了一条崭新途径。分子育种目前主要包括分子标记辅助育种、转抗病基因育种和分子设计育种3部分内容。