同时，通过构建高密度分子标记遗传图谱对重要农艺性状基因进行标记定位，找到与目的基因紧密连锁的分子标记，不断缩小候选区域进而克隆该基因，并验证其功能，阐明其作用机制，通过基因工程实现对果树性状的改良。前者是根据已有图谱或标记信息对基因进行精细定位，后者是通过对分离群体中就某一性状表现极端差异的个体进行分组，构建两个相对性状的 DNA 池，并筛选与目的基因连锁的多态性标记，实现对基因的初步定位。BSA 法具有许多优点：如原理简单、操作方便、实用经济等，重要一点是克服了许多作物没有或者难以创建近等基因系的限制，所以被广泛应用于质量性状单基因的定位以及数量性状主效基因的定位。InDel标记已广泛应用于目标基因的遗传定位、高密度遗传图谱的构建、目的基因的精细定位、生物遗传多样性的分析、种子纯度鉴定及分子标记辅助育种等多方面。，筛选与抗炭疽菌叶枯病相关的候选基因，以期揭示苹果炭疽菌叶枯病的抗性遗传规律，获得与目标基因紧密连锁的分子标记，实现抗性基因定位，为挖掘抗病的关键基因，探索病原菌与抗病基因的互作机制，实现分子标记辅助育种

长期的生产实践证明，利用遗传抗性是发掘新抗源和鉴定抗性基因的重要手段，为此，世界各主要产稻国几乎都投入大量人力、物力开展稻瘟病抗性遗传研究，迄今已鉴定和定位了一大批抗瘟基因，并克隆了部分抗瘟基因，为阐明水稻抗瘟性分子基础而生产上要得到抗病新种质十分困难，迄今已鉴定和定位50多个主效抗瘟基因和20多个QTLs位点[4]，成功地克隆了Pib、Pita、Pid2、Pi9、Pi2、Pizt和Pi-36等7个抗瘟基因[11～14GD3286菌株是一个致病谱广、致病力强的稻瘟病菌株，本研究已证实广谱高抗突变品系H1对该菌株的抗性受一对主效基因控制，对该抗病基因的转育将具有较大的实用价值，因此定位该抗病基因显得尤为迫切。通过分子标记对广谱高抗突变品系的主效基因进行精细定位，一方面，通过育种手段将其转入到作物基因组中使目标性状得以表达；或者通过分子标记辅助选择，将分子生物学与传统遗传育种相结合，借助目标基因紧密连锁的遗传标记，分析基因型，鉴定分离群体中含有目标基因的个体，可以加快抗病育种进程；另一方面，对其进行精细定位为进一步克隆奠定基础，目前这方面的工作正在开展之中。

/TMHMM/）预测基因编码的蛋白可能的跨膜结构域；应用Protcomp-v 6.0（http：//sun1.softberry.com/berry.phtml）对基因编码的蛋白质进行亚细胞定位，该软件可将蛋白质按细胞核、质膜、胞外分泌、细胞质、线粒体、内质网等归属进行划分；应用TargetP-v 1.1（http：//www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/）进一步确定预测蛋白的亚细胞定位，其可将蛋白质的定位归属于线粒体、叶绿体、胞外分泌以及其他亚细胞定位。IP 3.0预测，并不包含信号肽结构；继而经TMHMM-v 2.0预测，不含跨膜结构；通过Protcomp-v 6.0和TargetP-v 1.1分析表明，含有胞外分泌信号，是一种胞外分泌蛋白，在胞内无定位对稻瘟病菌无毒基因以及致病过程有关基因的研究一直是了解稻瘟病菌致病性及其变异机制乃至水稻与稻瘟病菌特异性互作机制的关键所在，而研究某一个具体基因的功能最便捷的方法就是对该基因的突变体进行分析，这也正是本研究筛选

通过对△（SNP-index）的筛选，将抗性基因位点快速定位于苹果第15条染色体的2～5Mb的区域内，结合SSR标记定位结果，最终锁定18个SNP位点、30个InDel位点，以及5个候选基因。通过qRT-PCR验证，5个候选基因均不同程度的响应炭疽叶枯病病原菌的诱导，是苹果炭疽叶枯病抗病相关基因。通过高分辨熔解曲线 （HRM） 分析技术对SNP 及InDel标记进行验证。对SNP 及InDel引物在亲本和抗感基因池中进行初步筛选，将出现不同分型的引物在分离群体上进行验证，获得了6个SNP 及5 个InDel标记与Rgls基因位点紧密连锁。三是开发了与抗炭疽菌基因相关的 SNP 标记和 Indel标记，并对部分SNP 及 InDel 标记进行了验证，将 R gls基因位点进行精细定位，将抗病基因的范围进一步缩小至58 kb，并获得了14个与抗病相关的候选基因。

对33个抗病SP2株系抗感分离的比例进行X2分析，结果表明有21个株系抗感分离比例符合理论比值3：1，说明这21个株系可能受一个位点的抗性基因控制；有8个株系抗感分离比例符合理论比值15：1，说明这8个株系可能受两个位点的抗性基因控制由于目前对水稻空间诱变的染色体变异的遗传机理还不是很清楚，诱变除了导致基因的位点突变以外，也可能导致染色体的缺失、重复、倒位、易位等畸变。这些畸变将影响水稻的性状，而且使其在SP2的基因的分离规律变得更复杂。目前作者等正重点开展有关优质、抗病的中二软占诱变品系的抗性遗传基础分析、抗病基因标记定位、空间诱变抗性变异机理研究等。

如果基因组在这些有特定位点的区域发生DNA插入，缺失或碱基突变就可导致这些特定结合位点发生相应的变化。通过对PCR产物的检测可测出基因组DNA在这些区域的多态性。因此，RAPD可以对整个基因组DNA进行多态性分析，适于研究生物的遗传多样性及生物的遗传关系，进行遗传作图和基因定位等。在晚疫病病菌的研究中，RAPD技术一般多用于研究种内群体遗传分析。AFLP技术用于构建基因连锁图谱，使我们可以从基因水平了解晚疫病病菌，为更好地研究晚疫病病菌、防治晚疫病提供理论依据。技术进行检测只需少量DNA样品，且质量要求不高，即使是部分降解的样品也可进行分析；每个位点均有许多等位形式；另外，它还具有多态性高、实验程序简单等优点[19～20]，所以自1989年SSR技术产生以来，被广泛应用于基因定位和利用DNA分子标记技术绘制晚疫病病菌的连锁图谱，使两个标记间距离足够小；借助高密度标记对一些性状基因进行准确定位，从而为抗病育种研究提供科学依据；并运用分子标记找到与目的基因紧密连锁的标记，如在致病疫霉中找到与抗瑞毒霉基因连锁的标记

二者卡方值均小于 x20.05=3.84， P 值均大于0.05，说明样本的抗病与感病的表型比值符合1∶1的理论分离比，初步判断该试验组合中苹果对炭疽菌叶枯病的抗性由单基因控制。；‘富士’בQF-2’ 杂交后代群体中共调查了198 株，出现3株感病植株， P值为0.25，符合1∶0的理论比值 （表 2-2），说明该杂交后代抗病性受单基因控制。综合上述研究结果，可以确定苹果对炭疽菌叶枯病的抗性由隐性单基因控制。Wang et al.，2012；Velho et al.，2014；Araujol and Stadnik，2013；Wang et al.，2015；王薇等，2015），对于抗性遗传规律、分子标记定位等研究少有报道作者利用4个杂交群体的后代个体对炭疽菌叶枯病抗性表现进行了综合分析，得出苹果杂交后代中抗炭疽菌叶枯病受隐性单基因控制的结论，这与Dantas等 （2009） 研究认为 ‘嘎拉’ ‘富士’ 等苹果品种对炭疽菌叶枯病的抗性是由一对隐性基因控制的结果相一致