基因表达是基因在生物体内转录、翻译以及所有加工的过程，在真核生物中，约有10万个基因，而表达的基因只占基因组的15%左右，了解不同条件下细胞内基因表达的变化，可以帮助我们了解控制生命过程的机理[13]。当植物受到病原物，如细菌、真菌、病毒、线虫等的侵袭时，植物体内存在防御机制，诱导相关基因表达，或者诱导相关基因表达量增加，产生次生代谢产物或表达抗性基因，从而抵御病原物的侵袭。基因表达研究方法有Northern杂交法、表达序列标签、mRNA差别显示技术、基因表达的系列分析方法和基因表达芯片等，本文对主要基因表达研究方法在植物病理学上的应用进行了简单概述。此技术的应用有以下几个方面：①确定新的、稀少的表达基因；②当植物受到病原物侵袭时，可以快速检测到特异表达的基因；③可以利用比较基因组学比较种间基因差异，从而确定基因功能；④可以敏感地确定基因表达的微量变化等cDNA中的目的基因，但费用较高；基因表达指纹技术，它采用酶切代替了PCR扩增，所获结果含有一定的编码信息，但是仅能得到高表达的基因，并且受电泳技术限制。

植原体16S rDNA基因扩增采用Lee等[2]报道的通用引物R16mF2/R16mR1，植原体延伸因子基因的引物对fTufu/rTufu序列及核糖体蛋白（rp）基因的引物对rpF1/rpR1序列分别根据对含有目标外源片断的重组质粒进行序列测定，扩增得到16S rDNA基因片断为1431bp；延伸因子基因片断为842bp，共编码280个氨基酸；核糖体蛋白基因片断为1249bp，DNAMAN软件分析表明该序列包括部分rps19和全部rp122和rps3基因。Lee等[8]对植原体各亚组的16S rRNA和核糖体蛋白基因进行了分析，证明16S rRNA和核糖体蛋白基因序列分析可以作为植原体鉴定和分类的依据。本试验以16S rDNA基因，延伸因子基因及核糖体蛋白基因作为分类依据，在亚组水平明确了桑树萎缩病的分类地位，为今后研究桑树萎缩病植原体的来源、进化关系及其致病的分子机理提供了理论依据。

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通过转座子随机突变，还得到rpoS基因等一系列QS系统的负调控基因，其调控机制及与生防能力的关系正在研究中。

与hbl 基因不同，编码该毒素的基因位于质粒上。图2 芽孢杆菌非溶血素Nhe操纵子图谱溶血素BL（HBL）与非溶血素肠毒素（Nhe）同时受到PlcR的调控。相应的sfp和cwh 基因定位于plcA的上游调节区域，能同时受到位于逆转录基因之间的PlcR结合位点的调控。Sylvie Salamitou等构建plcR基因缺失的突变菌株，该基因编码一个多效细胞外因子的调节子。王利国等人对实验室14株芽孢杆菌溶血素BL的检测结果表明，8株蜡样芽孢杆菌全部检测到溶血素BL的基因且产生溶血环，而其他的蜡样芽孢杆菌只检测到hblA基因以外的基因且不产生溶血环，表明只要检测到hblA基因，证明其为致病性菌株，所以通过设计hblA基因特异引物用PCR或通过血平板培养的方法是既经济又快速的检测方法。

为分析其定殖的分子机制，根据已公布的蜡样芽孢杆菌的全基因组序列及本实验室已获得的B.cereus M22的CuZn-SOD基因[5]，推测在B.cereus 905中也存在CuZn-SOD基因。比对Genbank发表的几个B.cereus菌株的CuZn-SOD基因序列，根据两端高度保守的序列设计引物，利用PCR方法扩增B.cereus 905的CuZn-SOD基因全长（sodC）。以B.cereus 905的基因组DNA为模板进行PCR，得到了B.cereus 905的CuZn-SOD基因全长（sodC）。该基因由537 bp组成，编码179个氨基酸残基。序列比对发现其与B.cereus M22同源性高至96%[5]，BLAST结果也显示其与其他的几株蜡样芽孢杆菌的CuZn-SOD基因的同源性在90%以上。作为非病原菌的植物内生细菌，CuZn-SOD可能在其侵入及定殖过程中扮演着重要角色，更明确的结论需要下一步基因缺失后的定殖能力的比较分析。

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Bcc菌株具有较强的溶解磷酸盐的能力，推动植物对释放的磷的吸收，促进植物生长，Babu-Khan等克隆到其溶解磷酸盐的基因[27]。各基因型间DNA-DNA同源性为30%～50%，其16S rRNA 和recA 基因序列相似性很高，分别为98%～99%和94%～95%[43]。直到目前，对Bcc的基因型组成仍在研究中，Zhang L等人在玉蜀黍和水稻的根际发现了大量的Bcc菌株，并且通过Bcc recA基因的同源性的分析，发现分离所得的Bcc R456菌株可能属于一种新的基因型利用16S rDNA测序、recA-RFLP分析、recA 基因特异引物PCR检测、DNA-DNA 同源性分析以及全细胞蛋白电泳（PAGE）方法可区分Bcc中的一些种，但还没有一种技术可以针对性的区分出每个基因型