2006年10月以来，浙江温州市乐清、瑞安、苍南、瓯海、龙湾等地的大棚番茄上相继发生了一种以前从未见过的病毒病。为此，我们立即分别从不同地点采集了较典型的罹病植株样本送浙江大学生物技术研究所鉴定，经该所用超薄切片电镜观察、ELISA和分子水平检测后确认是台湾番茄曲叶病毒（也称烟草曲叶病毒）（TLCV）所致。该病毒病在浙江省系首次发现，经检索国内也鲜有报道。台湾番茄曲叶病毒病是一种毁灭性的蔬菜新病害，是世界许多地区番茄生产上的重要限制因素，该病为害猖獗、蔬菜生产部门及有关方面须高度警惕。据调查，温州地区秋季定植的大棚番茄株发病率一般为3%～30%；严重田块株发病率高达95%以上，当地农民基本放弃管理或拉秧改种。初步统计温州各县（市、区）台湾番茄曲叶病毒病的发生面积约为333.3hm2，其中株发病率在50%的田块约为53.3 hm2以上，给各地番茄生产造成了严重损失。染病番茄植株矮化，生长缓慢或停滞，顶部叶片大多褪绿发黄、叶变小，边缘上卷，叶片增厚、变硬，叶脉呈紫色。生长发育早期染病的植株严重矮缩，不能正常开花结果；中后期染病的植株仅上部叶片和新芽表现症状，结果减少、果实变小，成熟期果实着色不均匀（红不透），商品价值低；生长发育后期，随着气温上升染病植株症状减轻。该病病原为Tomato leaf curl Tanwan virus，属双生病毒组的一种病毒，据资料报道该病毒只能由烟粉虱（Bemisia tabaci）传毒，土壤、种子和土壤均不传毒。近年来烟粉虱在温州地区的发生为害呈暴发态势，现已证实外来入侵生物B型烟粉虱的入侵蔓延并成为优势种是温州地区烟粉虱暴发的主要起因，估计台湾番茄曲叶病毒由B型烟粉虱带入的可能性较大。2006年秋冬，温州地区总体上呈高温干爽天气，对该病虫媒烟粉虱的发生、繁衍十分有利，虫量发生大、加上带毒种群及其携带病毒的多年积累和扩增，为台湾番茄曲叶病毒病的流行提供了病原数量基础，这可能是该病暴发的主要原因。此外，目前温州生产上推广的大多数番茄品种如红梅王、FA-189、516、托马雷斯、合作903等对该病毒病的抗性较差也是不可忽视的重要原因。据报道，该病极有可能在首次暴发后数年内迅速发展并导致大暴发，故须立即采取措施进行应急防控，以便将该病发生为害控制在最小限度内。抓紧引进、筛选抗耐病的优良品种，同时加强培育适合温州市栽培的抗病品种。对重发田实施与非茄科作物轮作，最好是水旱轮作。①育苗床与生产大棚要分开；②清洁消毒苗床；③使用30～40目防虫网隔离育苗，防止烟粉虱入侵；④苗床挂“黏虫色胶板”诱杀烟粉虱；⑤移栽时带药下田。①加强肥水管理，增强植株抗病能力；②地膜覆盖，去除边际杂草；③及时去除植株下部烟粉虱虫、卵枝叶；④收获后及时清洁棚室和周围环境。消灭虫媒，及时防治烟粉虱。可选用99.9%绿颖农用矿物油200～300倍稀释液、20%啶虫脒（兰宁）可溶性液剂3000倍稀释液、25%扑虱灵可湿性粉剂1000～1500倍稀释液、25%阿克泰水分散粒剂2000～3000倍稀释液、2.5%天王星乳油2000～3000倍稀释液、1.8%阿维菌素1500倍稀释液、1%甲胺基阿维菌素2000倍稀释液等进行防治。应在烟粉虱发生初期防治，并交替使用农药。

芽孢杆菌属（Bacillus spp.）是一类好氧或兼性厌氧、产生抗逆性内生孢子的杆状细菌，许多为腐生菌，主要分布于土壤、植物体表面及水体中，其在工业、农业、医学、军事和科学研究中有广泛的应用价值。在《Bergey氏鉴定细菌学手册》第8、第9版中，蜡样芽孢杆菌的分类地位为芽孢杆菌属的第I群，该群有22个种。根据营养型菌细胞的宽度分为两类，蜡样芽孢杆菌、蕈状芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌、炭疽芽孢杆菌和巨大芽孢杆菌属“大细孢菌种”。蜡样芽胞杆菌是一种杆状、产内生芽孢的革兰氏阳性细菌，由于蜡样芽孢杆菌自然界分布甚广，常存在于土壤、灰尘、腐草和空气中，极易在食品加工、运输、贮存、销售过程中，通过苍蝇、蟑螂等昆虫和不卫生的用具和手污染，通常被认为是一种条件致病菌，在临床上可导致脓肿、脑膜炎、骨髓炎、心内膜炎等报道，但最常见的是导致两种不同类型的食物中毒：腹泻型和呕吐型。关于B.c.引起非肠道感染及食物中毒的例子很多，从1898年起，就有B.c.造成泌尿系统感染及肠胃炎的记载，有些感染的病例甚至很严重，以致造成死亡。在微生物发展的早期，好氧芽孢杆菌就被怀疑可造成食物中毒，Lubenau1906年描述了发生在一家医院的严重的食物中毒事件，300名医务人员及病人用餐后出现急性肠胃炎，对剩余的食物进行检测，发现含有大量的好氧芽孢杆菌，该污染菌为B.c.。Seitz 1913 年从一例患肠炎与腹泻的病人分离出B.c.。Brekenfeld 分别于1926年及1959年报道了两起B.c.造成的食物中毒事件。1936～1942年，瑞典卫生部对367例食物中毒事件综合分析，证实117例是由B.c.引起，并且认识到被B.c.污染的食物，储藏温度不当时，可能会造成食物中毒，在1973年Bulyba等人报道了污染蜡样芽孢杆菌的乳制品引起食物中毒。由于Smith、Gorden 及其同事在芽孢杆菌分类学上的进展，Hauge 经过对4起食物中毒事件的调查，于1995年首次确认B.c.是一种引起食物中毒的致病菌。目前大部分国家对各类食品中的蜡样芽孢杆菌数量有所限定，多数情况下，引起食物中毒的食品中蜡样芽孢杆菌的数量在105～108 CFU/g，常因食用肉类、海鲜、乳品和蔬菜等食物引起，潜伏期一般为6～15h，一般持续24h；而致呕吐的毒素是该菌在食物中预先产生的，该毒素非常稳定，进入人体后在胃中与其受体5-HT3 结合，导致呕吐。呕吐型食物中毒的潜伏期一般为0.5～6h，一般限于富含淀粉质的食品，特别是炒饭和米饭。主要症状为恶心、呕吐，有时有腹泻、头晕、发烧和四肢无力等症状，引起这两种食物中毒的食品通常都是经过热加工处理的，但蜡样芽孢杆菌具有耐热的芽孢，能在食品加工及烹饪后残留下来，热处理诱发芽孢的萌发，在没有其他微生物与之竞争的条件下，大量生长繁殖，产生毒素并引起食品的腐败。蜡样芽孢杆菌产生的呕吐毒素（cereulide，1.2kD）是一种小的十二边形的热稳定性环状毒素，分子式为（D-O-Leu-D-Ala-L-O-Val-L-Val）3。其结构、性质和毒理与缬氨霉素很相似，是特异性的钾离子载体，能将K 转入线粒体内，破坏线粒体的氧化还原能力。该毒素非常稳定，目前的各种食品加工方法，包括灭菌，均无法使其失活（能耐受126℃ 90min），而且还耐强酸（pH 2.0）、耐蛋白酶水解。N.Agata等对多种食品中呕吐毒素的产量进行了检测，发现对B.cereus NC7401来说，在煮熟后的米饭中其产毒量很高，在富含淀粉质的食物中的产毒量也足以引起食物中毒；而在肉类、蛋品和密封的液体食品如牛奶和豆奶中虽可以检测到该毒素，但其含量较低。还发现在与醋、蛋黄酱及酱类一起煮的食物中，该菌株的生长和产毒都受到抑制，推测这可能是醋导致pH 降低的缘故。在12～15℃时该毒素的产量却明显高于30℃时的产量，而且该毒素的产生与芽孢的产生没有相关性。还有报道称该毒素只有在有氧条件下才能产生，所以缺氧条件如：充氮包装和真空包装能有效地防止该毒素的产生和积累。因为该毒素的分子量很小，无抗原性，这使其检测比较难，到目前为止尚缺乏一种快速可靠的检测方法。最常用是采用HEp-2 细胞进行细胞培养分析。近年来用分子生物学手段检测产毒菌株的报道也较多，如P F Horwood 等人根据NRPS基因的两个可变区的序列，针对产呕吐毒素的菌株设计了特异性的引物，进行PCR 以检测蜡样芽孢杆菌是否产毒，取得了良好的效果，该法灵敏度高，而且检测速度快。在呕吐食物中毒事件中分离的蜡样芽孢杆菌均产生呕吐毒素，而且有着共同的独特表型特征，对其基因进行分析发现它们同源性很高。B.c.所造成的腹泻型食物中毒的致病因子是肠毒素，目前至少已经发现4 种不同的肠毒素，包括2 个三联体肠毒素：溶血素BL和非溶血素Nhe；2个单一亚基肠毒素：细胞毒素K（cytK）、肠毒素T（bceT）。2.2.1 溶血素BL（HBL）Beecher1991年从B.c.菌株中分离提纯了一种具有活性的三亚基肠毒素，命名为溶血素BL（hemolysinBL），能够引起家兔肠段的液体积累，可以改变豚鼠皮肤血管的通透性，具有对vero细胞的溶细胞毒性。其由一个结合亚基B（37.5kD）、两个溶血亚基L1（38.2kD）及L2（43.5kD）组成，编码3个亚基的基因hblA、hblD、hblC经克隆、测序与分析，表明其在同一个mRNA中受一个操众子调控转录如图1。这些组分的物理化学性质非常相似，等电点（pI）为5.34，5.33和5.33。其中hblA编码结合亚基B，hblD、hblC分别编码溶血亚基L1及L2，hblB编码B’蛋白，hblC和hblD仅隔37bp个碱基，B、L1、L2蛋白分别有31、30、32个氨基酸的信号肽，hblD和hblA之间最少有100bp碱基，hblA和 hblB有381 bp的碱基隔开，B’蛋白与B蛋白开始的158个氨基酸非常相似，但其功能尚未清楚。Douglas J.Beecher等人利用等电聚焦电泳技术和快速蛋白液相层析技术证明单独成分的溶血素亚基并不会在血平板上产生溶血环，只有当3个亚基结合后，才会产生溶血环。图1 芽孢杆菌溶血素BL操纵子图谱2.2.2 非溶血素肠毒素（Nhe）非溶血素肠毒素（Nhe）由45、39和105kD的蛋白组成，其蛋白成分已被分离出来。1999年Granum等给出了nhe操纵子的序列，该操纵子有3个开放式阅读框，相应的3个基因分别是：nheA、nheB和nheC。前两个基因的产物分别为45kD和39kD 蛋白，而nheC 的产物尚未纯化出来，其功能未知。Nhe与Vero细胞相互作用的研究表明105kD蛋白是复合物的结合部位，而其他两个组分是无法单独结合到细胞上去。该105kD 蛋白是一种金属蛋白，具有分解明胶和胶原的活力。与hbl 基因不同，编码该毒素的基因位于质粒上。图2 芽孢杆菌非溶血素Nhe操纵子图谱溶血素BL（HBL）与非溶血素肠毒素（Nhe）同时受到PlcR的调控。2.2.3 肠毒素T（entertoxin T）肠毒素T为单一亚基的蛋白质，由 bceT基因编码，日本学者Agata对其基因克隆、测序和分析表明其由336个氨基酸组成。并认为其有细胞毒性，可导致家兔肠段的液体积累，可以改变豚鼠皮肤血管的通透性，具有对vero细胞的溶细胞毒性。其产物属于肠毒素蛋白。该毒素同溶血素BL无同源性，而且认为肠毒素T 不会导致食物中毒。2.2.4 细胞毒素K 早期在法国报道过食物中毒，其氨基酸序列显示它属于β-桶孔形成毒素，能在磷脂双分子层中形成直径至少为7A°的孔，该孔具有微弱的离子选择性，已证实它对人类肠道Caco-2上皮细胞具有毒性。PlcR是条件性人类病原菌B.cereus和共生病原菌B.thuringiensis细胞外毒性因子的一个多效调节子，它在细胞进入稳定期时诱导生长。受到PlcR调节的基因有：plcA编码一个专一性磷脂酰肌醇磷脂酶C（PI-PLC），Plc编码一个改良的磷脂酰胆碱磷脂酶 C（PC-PLC），nhe编码一个无溶血性的肠毒素，hbl编码一个溶血性的肠毒素 BL（HBL）；以及推定为S-层类似表面蛋白的基因，以及一个推定为细胞外RNA酶。通过分析37.1kb的hbl，plcA和plcR周围的DNA序列，推定存在28个ORF。3条新基因推定受到PlcR 的调节并编码一个中性蛋白酶，subtilase家族丝氨酸蛋白酶（Sfp）以及一个推定的细胞壁水解酶（Cwh）得到确认。相应的sfp和cwh 基因定位于plcA的上游调节区域，能同时受到位于逆转录基因之间的PlcR结合位点的调控。Sylvie Salamitou等构建plcR基因缺失的突变菌株，该基因编码一个多效细胞外因子的调节子。幼虫期同时取食亲本菌株产生的106孢子亚致死浓度的Cry1C毒性导致70%死亡率，如果使用plcR突变体的孢子，则只有7%的死亡率。小鼠鼻腔灌入108的孢子，亲本菌株导致了100%的死亡率，而灌入相同数量的突变体孢子，死亡率大大降低，甚至没有死亡。应用营养体细胞代替孢子也可以达到相同的效果。导致死亡的原因未知，不可能是由于小鼠内细菌的实际增长所导致。由于受B.thuringiensis 过量突变体感染的小鼠产生的病变，说明溶血素参与其中，发生了作用。B.thuringiensis和B.cereus具细胞溶解毒性的特性。这种细胞溶解毒性的水平在plcR基因缺失的菌株中剧烈下降。表明 B.thuringiensis407菌株和B.cereusATCC14579的致病性受到PlcR的调控。由于蜡样芽孢杆菌及其芽孢广泛存在于周围的环境中，它极易污染食物而引起食物中毒，因此需要发展一种快速的检测方法来实现对致病性蜡样芽孢杆菌的检测，目前对该类蜡样芽孢杆菌的检测主要采用生化检测方法是一项费时费力的方法，需要长时间的选择性培养过程。现在有两种试剂盒可供选择，但由于价格昂贵且不太灵敏，有些致病菌不能够检测。王利国等人对实验室14株芽孢杆菌溶血素BL的检测结果表明，8株蜡样芽孢杆菌全部检测到溶血素BL的基因且产生溶血环，而其他的蜡样芽孢杆菌只检测到hblA基因以外的基因且不产生溶血环，表明只要检测到hblA基因，证明其为致病性菌株，所以通过设计hblA基因特异引物用PCR或通过血平板培养的方法是既经济又快速的检测方法。对其他毒素的检测目前主要是通过设计特异性引物来检测。所以对蜡样芽孢杆菌毒素的检测还需要进一步对其研究，确定最佳的检测方法。

甜菜花叶病毒（Beet mosaic virus，BtMV）属于马铃薯Y病毒属（Potyvirus）。它是一个世界性的病原，主要由蚜虫以非持久方式传播，并可以通过机械接种和嫁接方式传播，但不能通过种子以及花粉传播。20世纪50年代末德国首次报道了BtMV在甜菜上的发生[1]。1981年Liu等报道了BtMV在北京地区菠菜上的发生，是我国对BtMV的首次报道[2]。BtMV寄主主要是藜科植物，可系统侵染甜菜（Beta vulgaris），局部侵染菠菜（Spinacia oleracea）、苋色藜（Chenopodium amaranticolor）、昆诺藜（C.quinoa）等。目前仅有美国华盛顿分离物、德国分离物、中国新疆以及内蒙古分离物的全序列以及英国和斯洛伐克少数几个分离物3′端部分序列被报道，这些分离物均来源于甜菜[3，4]。莴苣（Lactuca sativa）属于菊科莴苣属，一年或两年生草本植物。莴苣是我国常见蔬菜之一，在我国大部分地区均有种植。2007年，我们在泰安郊区蔬菜种植区调查病毒病时，发现莴苣上发生病毒病较为严重。感病植株叶片呈黄绿相间的花叶症状，植株严重矮缩。初步的血清学试验表明，该分离物是马铃薯Y病毒属病毒。用针对该属病毒的兼并引物进行RT-PCR扩增，获得此病毒基因组3′端片段，经序列分析表明为BtMV。1.1.1 供试毒源 莴苣病叶样品采自山东泰安郊区菜田，经枯斑寄主昆诺藜（C.quinoa）单斑分离3次后繁殖保存于本生烟（Nicotiana benthamiana）上，并取发病叶用硅胶保存。1.1.2 载体、试剂与菌株 大肠杆菌DH5α由本实验室提供；Trizol购自invitrogen公司；PCR产物回收试剂盒购自博大泰克公司；M-MLV反转录酶、RNase抑制剂（HPRΙ）购自Promega公司；无RNase的水，克隆载体pMD18-T、Taq DNA 聚合酶购自TaKaRa公司；硝酸纤维素膜购自Pall Gelman公司产品；碱性磷酸酯酶标记的A蛋白购自Sigma公司；其他化学试剂均为国产分析纯；BtMV的血清由中国农业大学韩成贵教授提供，其余抗血清由本实验室制备。1.2.1 SDS-琼脂免疫双扩散试验 以常规琼脂双扩散法进行，1g病叶样品加1ml PB缓冲液再加1ml 3%SDS研磨，将汁液6000r/min离心5min。取上清液适量加到琼脂糖凝胶中，与黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus，CMV）、烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus，TMV）、芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus，TuMV）、马铃薯X病毒（Potato virus X，PVX）、马铃薯Y病毒（Potato virus Y，PVY）的抗血清反应，加样后在37 ℃下放置，12h后观察结果。1.2.2 RNA提取 采用 Trizol法（Invitrogen）提取总RNA。取0.2g具典型症状病叶于干热灭菌的研钵中，液氮研磨至粉末，迅速转移至1.5ml离心管中，加1ml Trizol剧烈振荡，静置10min；加200μl氯仿后充分振荡15s，静置5min，于4℃、12000r/min离心15min；将上清转移至另一1.5ml离心管中，加入等体积冰冷的异丙醇混匀，室温放置10min，4℃、12000r/min离心10min，沉淀用DEPC处理灭菌水配制的75%乙醇洗涤；室温干燥，加入适量无RNase的水溶解RNA，-80℃保存备用。1.2.3 RT-PCR扩增 以提取的总RNA为模板，在Oligo d（T）引物引导下利用M-MLV反转录酶合成第一链cDNA。用针对马铃薯Y病毒属病毒3′端序列设计的简并引物Sprimer和K11465（表1），扩增病毒RNA基因组的3′端序列。扩增条件如下：94℃预变性3min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸2min，30个循环；72℃延伸10min。扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测。1.2.4 PCR产物的克隆与测序 PCR产物回收后与pMD18-T连接，连接产物转化大肠杆菌DH5α感受态细胞，提取质粒，经PCR扩增和酶切鉴定为阳性的重组质粒送北京英俊有限公司测序。NamePrimersequenceTmReferencesOligod(T)5′-GGTCGACTGCAGGATCCAAGC(T)15-3′[5]K114655′-GGTCGACTGCAGGATCCAAGC-3′68[5]Sprimer?5′-ATAGGATCCCTGCAGGGBAAYAAYAGYGGDCARCC-3′69~78[6]Table 1 Primers used for cDNA synthesis, PCR amplification and DNA sequencing1.2.5 Western blotting分析 参考文献中[7，8]的方法，用Western blotting验证采集的莴苣样品、单斑分离后保存在本生烟上的样品与BtMV血清的关系。第一抗体为原核表达制备的抗血清，第二抗体为碱性磷酸酯酶标记的A蛋白，用BCIP/NBT显色。1.2.6 DNA序列比较与分析 将所得DNA序列输入GenBank进行BLAST检索，采用DNAStar和MEGA3.1软件对所得到的核苷酸序列与GenBank中收录的BtMV分离物的相应序列进行比较和分析，构建系统进化树。感病莴苣植株表现明显的矮缩症状，叶片呈黄绿相间的花叶症状，叶片变小并伴有明显的皱缩（图1）。Figure 1 Symptoms of lettuce infected by BtMV-SDSDS-琼脂扩散试验结果显示样品与TuMV抗血清和PVY抗血清均有沉淀反应，说明样品中含有马铃薯Y病毒属的病毒。以提取的病叶样品总RNA为模板，经RT-PCR扩增，得到长度约为1.7kb的目的片段（图2），与预期的大小相一致。扩增产物经纯化后克隆到pMD18-T载体上。经蓝白斑筛选和酶切鉴定，得到含有目的片段的重组子。Figure 2 RT-PCR amplification of 3′-cDNA of BtMV-SD通过测定2个PCR反应克隆到的片段序列，确定了插入片段的核苷酸序列长度1629bp。序列已登录GenBank，登录号为EF633501。扩增产物包含630bp NIb编码序列、831bp CP编码序列及168bp非编码区序列（3′-UTR）。在由此推导其氨基酸序列中，NIb与CP的切割位点为VTYQ/G，符合多数马铃薯Y病毒属病毒NIb与CP切割位点的保守基序为VXXQ的特征[9]。NIb氨基酸序列中存在依赖RNA的RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase，RdRp）保守氨基酸序列GDD。CP序列中含有蚜虫传播马铃薯Y病毒属病毒所必需的DAG基序。分离物BtMV-SD 3′ 端序列与GenBank中已登录的斯洛伐克（BtMV-SL，AF363639）、美国华盛顿（BtMV-Wa，AF206394）、中国内蒙古（BtMV-IM，DQ674263）、中国新疆（BtMV-XJ，DQ674264）、英国（BtMV-UK，AF203540）、中国新疆2（BtMV-XJ2，DQ345522）以及未登录的德国（BtMV-G）[10] 6个BtMV分离物的核苷酸序列同源性分别为98.8%、91.1%、98.6%、97.7%、98.5%、97.5%、98.8%，氨基酸序列同源性分别为99.2%、94.3%、99.5%、98.4%、99.4%、98.9%、99.5%。除了BtMV之外，马铃薯Y病毒属中的落葵皱缩花叶病毒（Basella rugose mosaic virus，BaRMV）（DQ394891）与BtMV-SD的核苷酸同源性最高，为63.5%。据CP编码序列构建的系统进化树表明，8个分离物可以分为两组：欧亚大陆组（Euroasia group）与美洲组（America group），结果与Xiang等[4]的相一致。其中美国华盛顿分离物BtMV-Wa位于美洲组，包括BtMV-SD在内的其他分离物位于欧亚大陆组（图3）。BtMV-SD与BtMV-SL位于同一分支，两者在进化关系上最为接近。Figure 3 Phylogenetic tree based on CP-coding sequence of 8 BtMV isolatesWestern blotting分析表明，自然发病的莴苣样品以及接种发病的本生烟样品均与BtMV血清有较强的特异性反应，而本生烟健康植株则无反应。Figure 4 Western blotting analysis of BtMV-SD在用有些病毒的多克隆抗体检测样品时，经常会出现交叉反应，这在马铃薯Y病毒属病毒中也非常普遍[11]。本研究的样品在SDS-琼脂免疫双扩散试验中与TuMV和PVY的抗血清均有沉淀反应，表明该分离物可能有马铃薯Y病毒属的病毒。通过比较病毒基因组3′端约1.7kb的序列，证明该病毒分离物为BtMV。Western blotting进一步证实了该结果。病毒病是莴苣生产中的主要病害之一。病毒的复合侵染在田间也非常普遍。已报道侵染莴苣的病毒有莴苣花叶病毒（Lettuce mosaic virus，LMV）、蒲公英黄花叶病毒（Dandelion yellow mosaic virus，DYMV）和CMV。先前报道BtMV寄主主要是甜菜、菠菜等藜科植物，而不易侵染莴苣。本文首次报道BtMV在自然条件下能够侵染莴苣并造成危害。

姜（Zingiber officinale Rosc.）为姜科（Zingiberaceae）、姜属（Zingiber），多年生草本植物，是一种既能作为调味蔬菜，又能入药的重要的经济作物。山东省是我国姜的主要产区，近年来，由于多数品种长期无性繁殖及连年重茬种植，出现了一种严重影响姜产量和质量的病害，该病害主要为害姜叶部，发病初期呈现水浸状小斑点，随后变成黄色，逐渐扩大成为椭圆形、近圆形或不规则形的白色病斑，边缘则为黄褐色，病斑继而彼此融合，导致整叶干枯；在老熟病斑上可见大量黑色小颗粒。目前国内外有关文献报道认为，引起姜叶斑病的病原菌为姜叶点霉（Phyllosticta zingiberiHori）[1]，白金铠[2]在《中国真菌志》中描述过Phyllosticta zingiberi的形态特征，而Mathur[3]曾提到Phyllosticta zingiberi T.S.Ramakr.为Phoma zingiberi Khune的基原异名，但关于Phoma zingiberi的产孢细胞等形态特征及ITS序列分析未见报道。由于茎点霉属（Phoma）真菌与叶点霉属（Phyllosticta）真菌有诸多类似的地方，如分生孢子器和分生孢子的形态、颜色、大小等。因此，Phoma和Phyllostica两属间的分类及属下种的分类问题一直存在着许多争议。Saccardo[4]认为，两者的主要区别在于寄生部位的不同，即Phoma寄生于植物叶以外的部位，而Phyllosticta寄生于植物叶片上，这种主观的划分受到许多真菌学家的批评。由于产孢方式是Phyllosticta和Phoma两属共同具有的稳定特征。因此，目前已作为被多数学者所接受的分类标准。对于植物病原真菌，传统的分类方法多以真菌的形态特征为依据，而近年来分子生物学手段的应用为真菌的分类鉴定提供了更多遗传信息方面的依据。核糖体基因内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer，简称ITS）在真菌种间存在丰富的差异，已广泛应用于真菌亲缘关系较近分类群的系统发育研究。目前，对于形态学上难以区分的Phoma和Phyllosticta两属真菌，尚未开展ITS序列的比对研究，其ITS序列资源也有待进一步丰富。本文发现的病害症状与已报道的由Phyllosticta zingiberi引起的姜叶斑病症状基本一致。为了正确鉴定分离到的姜叶斑病的致病菌，本文利用传统的形态学观察并结合分子手段对该病原菌的分类归属进行了研究。姜病叶采自山东省生姜主要产地莱芜市姜田。1.2.1 病菌的培养及光镜观察 将发病叶片表面消毒后置于PDA培养基上培养4～5天，从菌落边缘取直径为5mm的菌落圆片进行纯培养，在Olympus光学显微镜下观察并描述分生孢子器、分生孢子、产孢细胞形态特征，用显微测量尺测定分生孢子器及分生孢子的大小。1.2.2 透射电镜样品制备与观察 将新鲜的感病叶片切成小于0.5cm×0.5cm的材料，固定于3%戊二醛中，再用1%锇酸二次固定，乙醇梯度脱水、Epon812树脂浸透、包埋、超薄切片，经醋酸双氧铀、柠檬酸铅双重染色，JEM-1200EX透射电镜观察、拍照。将配制好的孢子悬浮液（低倍镜下每视野约30个孢子）喷洒在4～5叶期健康的姜新叶上，接种后套袋保湿48h。定期观察并记录发病情况和症状特点。取病斑上产生的子实体镜检，并从发病组织中再次分离致病菌，观察并描述病原菌形态特征。菌丝染色体DNA的提取参照何月秋[5]的方法并做适当的修改，质粒提取采用碱裂解法，大肠杆菌Escherichia coli DH5α感受态制备、连接、转化等参考《分子克隆实验指南》（第三版）[6]。以总DNA为模板，以通用引物ITS1：5′-TCC GTA GGT GAA CCT GCG G-3′和ITS2：5′-GCT GCG TTC ATC GAT GC-3′，ITS3：5′-GCA TCG ATG AAG AAC GCA GC-3′和ITS4：5′-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3′分别扩增ITSI和ITSII片段。PCR反应程序如下：94 ℃预变性3 min，94 ℃变性1min，50 ℃退火1min，72 ℃延伸30s，30个循环，最后72℃延伸10min。PCR产物连接到pMD18-T（大连宝生物工程有限公司），转化E.coli DH5α，经鉴定的重组质粒送上海英俊生物技术公司测序。该病原菌在PDA培养基上菌丝初为白色，后变为褐色，25 ℃培养20～25天后，逐渐出现分生孢子器。光镜观察分生孢子器为球形、扁球形，暗褐色，直径55～135μm，高75～130μm，器壁褐色，由3～5层细胞组成，壁厚9～13μm，内壁形成产孢细胞，上着生分生孢子；分生孢子椭圆形、卵形，无色，单胞，两端各含有一油球，5～8.5μm×2～4.5μm，其形态与报道的Phyllosticta zingiberi基本一致（Figure 1），但光镜和透射电镜观察其产孢方式为内壁芽生瓶梗式（eb-ph）（Figure 2）。Figure 1 Picnidium(Micro)(×400)Figure 2 Morphology of conidiogenous cell(Micro)(×1 000)用分生孢子悬浮液接种姜嫩叶后，发病症状和病原菌形态特征与自然发病株相同。取病健交界处组织再分离，其培养性状和形态特征与第1次分离结果一致。根据柯赫氏法则，接种菌即为姜叶斑病的致病菌。2.3.1 菌丝染色体DNA的提取与核糖体DNA ITS的PCR扩增 用改进的CTAB法提取该菌染色体DNA，琼脂糖凝胶电泳检测。采用真菌核糖体基因ITS区域通用引物ITS1和ITS2、ITS3和ITS4分别扩增了茎点霉的ITSI和ITSII，1%琼脂糖凝胶电泳检测结果均为单一条带，大小分别为224bp和343bp。2.3.2 核糖体DNA ITS序列分析 将克隆到的ITSI和ITSII测序后进行拼接，确定了ITS片段的核苷酸序列（Genbank登录号为EF408240）。用DNAStar软件对所得序列进行编辑和排序比对，得出该病原菌ITS序列与叶点霉的同源性最高为58.7%，与茎点霉的同源性最高为95.6%。利用MEGA3.1软件分析核苷酸组成并计算种间遗传距离，结果显示该病原菌与茎点霉亲缘性更大。以往报道认为，引起姜叶斑病的病原为Phyllosticta zingiberi Hori，Hara记载并描述了Phyllosticta zingiberi Hori的形态特征：叶上病斑圆形、不规则形，中央灰白色，直径1～3mm；分生孢子器球形、扁球形，暗褐色，直径50～120μm，分生孢子椭圆形、卵形，单胞，无色，两端各含有一油球，5～9μm×2.5～3.5μm。后人Sawada[7]对中国台湾省姜叶上的Phyllosticta zingiberi Hori、戚佩坤等[8]对广东姜叶上的Phyllosticta zingiberi Hori以及本研究对分离菌的描述与上述基本一致，应视为同种。Ramakrishnan[9]描述的印度姜叶上的Phyllosticta zingiberi T.S.Ramakr.的形态特征为，叶上病斑卵圆形，中央灰白色，可形成穿孔，9～10μm×3～4μm；分生孢子器球形，78～150μm，分生孢子无色，椭圆形，3.7～7.4μm×1.2～2.5μm，两端各含有一油球，此形态与Phyllosticta zingiberi Hori基本一致。因此，Phyllosticta zingiberi T.S.Ramakr.应视为Phyllosticta zingiberi Hori的同物异名。Sutton[10]通过对Phoma和Phyllosticta产孢方式的研究，认为Phoma是内壁芽生瓶梗式（eb-ph），Phyllosticta是全壁芽生单生式（hb-sol），这与Dictionary of the fungi第九版[11]对两属产孢方式的描述一致，而吕国忠电镜观察结果显示，两属的产孢方式相同，均为全壁芽生环痕式（hn-ann），同样，王琪[12]对龙眼叶点霉（Phyllosticta dimocarpi）研究结果也是全壁芽生环痕式（hn-ann），周永力[13]则认为Phyllosticta为内壁芽生瓶梗式（eb-ph）。因此，有关两属的产孢方式目前尚有争论。本研究对该病原菌的光镜和电镜观察结果表明，其产孢方式为内壁芽生瓶梗式（eb-ph），符合Kendrick等对Phoma产孢细胞特征的描述，ITS序列分析结果发现，该菌与Phoma ITS序列同源性高达95.6%，远远高于与Phyllosticta ITS序列的同源性（58.7%）。本研究结果支持Mathur的观点，认为Phyllosticta zingiberi T.S.Ramakr.为Phoma zingiberi Khune的基原异名。由于Phyllosticta zingiberi T.S.Ramakr.是Phyllosticta zingiberi Hori的同物异名。因此，引起姜叶斑病的病原菌应为姜茎点霉（Phoma zingiberi Hori）。致谢：山东农业大学张天宇教授、张修国教授对本研究提供了热情帮助，并对论文修改提出了建议。

由灰葡萄孢（Botrytis cinerea Pers.）侵染引起的番茄灰霉病是当前番茄生产上重要病害，尤以设施栽培条件下发生较重，一般引起产量损失20%～30%。灰葡萄孢的寄主很广，已经报道过的寄主至少有235种，能为害多种粮食作物、经济作物、蔬菜、果树和观赏植物[1]。随着高效农业的发展，温室中蔬菜、花卉、果树轮作、间作日渐频繁，使得同种作物间、不同种作物间交互感染成为可能[2～3]。为了明确来自其他寄主植物的灰葡萄孢菌株能否侵染番茄，不同寄主来源的菌株对番茄的致病力是否存在差异，从而为生产上包括番茄灰霉病在内的灰葡萄孢所致植物灰霉病的综合治理提供参考依据，作者对不同寄主来源的灰霉菌株对番茄的致病力及其分化进行了研究。2005～2007年，从合肥市、蚌埠市、长丰县、和县等地区的番茄、辣椒、草莓、葡萄等发病寄主上分离鉴定获得18个灰葡萄孢菌株，采用菌丝块创伤接种法，分别测定了上述不同寄主来源的灰葡萄孢菌对番茄果实和叶片的致病力。结果表明，所有供试菌株接种番茄果实后均可引起发病，但不同菌株所致病斑的平均直径有显著差异，提示灰葡萄孢菌株间对番茄果实的致病力存在明显分化。按照在番茄果实上所致病斑的平均直径大小可将供试菌株划分为致病力较强、致病力中等和致病力较弱3种类型。总体来说，来自番茄的菌株对番茄果实的致病力较强，来自草莓、葡萄和辣椒的菌株对番茄果实的致病力较弱，但来自相同寄主的菌株间致病力也存在差异，菌株致病力差异与菌株地域来源无明显相关。供试灰葡萄孢菌株接种番茄叶片后，除CF1外，均可引起番茄叶片发病，但不同菌株所致番茄叶片病斑的平均直径也有显著差异，但菌株致病力差异与菌株的寄主和地域来源无显著相关。本文关于灰葡萄孢不同菌株致病力存在差异的研究结果与Kersises[4]的报道一致。Lorenz[5]和Kersises[4]认为灰葡萄孢不同菌株致病力分化的原因可能与异核现象有关。作者也曾采用细胞核染色法观察到部分灰葡萄孢菌株菌丝细胞内存在多核现象，但这种多核现象与异核现象乃至致病力分化之间的关系尚不清楚。因此，有关灰葡萄孢不同菌株致病力分化的机制尚需进一步研究。灰葡萄孢菌株对番茄果实和叶片的致病力测定结果比较表明，除FQ外，其余各供试菌株对番茄果实所致病斑直径均比叶片病斑直径大，但各供试菌株接种番茄果实和叶片后所致病斑直径之间没有明显的相关性。作者认为，采用菌丝块创伤接种法测定灰葡萄孢菌对番茄的致病力时，以接种果实为宜；由于不同菌株的致病力差异较大，所以在番茄抗病性测定时，宜选用强菌株或混合菌株。本研究结果指出，来自辣椒、草莓、葡萄等其他寄主植物的灰葡萄孢菌株能够侵染番茄果实和叶片，意味着上述植物上的灰霉病菌（灰葡萄孢）可以成为番茄灰霉病的侵染来源，建议在番茄灰霉病的综合治理中应予以注意。

多数苹果属植物野生种或栽培种的花和果都具有观赏价值，在观赏园艺花卉树木中占有重要地位。20世纪以来，国外植物学家从我国引种并进行了大量杂交选育工作，培育了一系列具观赏用途的海棠品种，统称为观赏海棠（Malus spp.）。近年来，国内学者从国外引进的观赏海棠品种几十个，它们姿态各异，色彩斑斓，大量果实点缀枝头直到深冬，丰富了景观内容。但是，这些观赏海棠不少品种的植株枝干上往往产生大量轮纹状、马鞍形的瘤状突起，严重时，病斑相连，导致树皮粗糙，严重影响树势甚至引起枝干坏死。本研究对其病原进行了初步研究，以期为进一步研究其发生发展规律和防治技术奠定基础。观赏海棠（M.spp.）植株为山东省泰安市区栽植树种。在6月份从病树上采集病斑，显微切片观察其病原形态，并对其大小进行测定。按常规方法，进行分离培养并纯化。观察其培养性状和产孢特征。在6月底，将分离纯化的病原菌分别采用烫伤接种法、针刺接种法、喷雾接种法对健康的海棠枝条进行接种，定期观察其发病情况，确定其致病性。设置不同温度条件（5℃、15℃、25℃、28℃、37℃、40℃）、不同pH值条件（pH值4.0、5.0、6.0、7.0、8.0）、不同培养基条件（琼脂、蛋白胨、LB、BPY、PMA、PSA、PDA），用菌碟法分别测定不同条件下病原菌的菌丝生长状况；并在以上不同温度、不同pH值条件以及不同营养条件（0.5%、1%、2%葡萄糖，0.5%、1%、2%蔗糖）下，采用凹穴法测定病原菌孢子萌发情况。受害海棠枝干从皮孔开始发病，以皮孔为中心形成近圆形斑点，暗褐色，凹陷，边缘稍隆起；随后病斑中央突起，呈瘤状，质地坚硬，成为灰白色；病健交界处发生龟裂，病皮翘起，有点呈马鞍状，或呈轮纹状；病斑表面产生黑色的小粒点。严重时，病斑相连，病皮粗糙，导致部分枝干死亡。对病斑上黑色粒点切片镜检，发现：子座扁球形，其上分生孢子器1～3个，分生孢子器扁圆形或椭圆形，大小为（142～284）μm×（162～289）μm；内壁密生分生孢子梗，分生孢子梗棍棒状，单胞，顶端着生分生孢子；分生孢子单细胞，无色，纺锤形或长椭圆形，一端钝圆，一端截平，大小为（20.1～32.9）μm×（7.6～9.8）μm。从发病枝干上分离培养获得病原菌纯培养，菌落初灰白色，逐渐呈灰黑色，气生菌丝浓密，呈絮状隆起，后期菌落中产生灰黑色子座。对病原菌进行致病性测定，通过不同方法对海棠进行接种试验，发现烫伤接种法和针刺接种法处理的海棠发病率为100%，而喷雾接种法处理的海棠则几乎没有发病。其症状表现为，伤口先凹陷变黑，后形成褐色小突起。同时发现，在山东省泰安市，在6月底接种，该病原菌侵染的潜伏期为7～10天。经鉴定，认为该病害的病原为Botryosphaeria berengeriana，病害为观赏海棠轮纹病。25～28℃、pH值4.0～7.0、BPY和PDA培养基等条件，最适合菌丝生长，菌落生长快，且菌丝白色浓密呈絮状隆起，易产生黑色分生孢子器。28℃、pH值7.0、1%蔗糖条件最适合病原菌分生孢子萌发，12h观察孢子萌发率能达到80%左右，孢子萌发芽管较短、粗，多数两端萌发。观赏海棠轮纹病发病严重，目前对其病原鉴定方面未见报道。本研究初步确定其病原为Botryosphaeria berengeriana，并测定了其部分生物学特性。结果也显示该病原菌从形态和生物学特性上与引起苹果轮纹病的病原菌[1]和梨轮纹病[2，3]的病原菌有一定的差异。该菌的寄主范围、对苹果属、梨属植物的致病性、ITS的序列测定等工作正在开展中，这些信息对于该菌分类地位的进一步确定有重要价值。

主要步骤如下。（1） 将 800 μl 提取缓冲液 CTAB buffer （内含 2%CTAB、100 mmol/L Tris-HCl pH值8.0、20 mmol/L EDTA、1.4 mol/L NaCl、2%PVP30、1%的β-巯基乙醇） 加入2 ml的离心管内65℃预热。（2） 从-70℃超低温冰箱中取0.2 g ‘富士’ 和 ‘金冠’ 及其杂交群体单株的嫩叶，放入研钵中，加入液氮迅速研磨成粉末状，并迅速转移到装有预热的提取缓冲液的离心管内，并上下颠倒混匀。（3） 65℃水浴中保温3 min，数次颠倒使内含物充分混匀。（4） 将离心管取出，加800 μl氯仿∶异戊醇 （体积比为24∶1）。颠倒充分混合，温和震荡2～3 min。（5） 在高速离心机上离心10 min （14000 r/min），将上清液转移到1.5 ml离心管中。（6） 加入6 μl RNase （10 mg/ml） 充分混匀，在37℃恒温箱内温育1 h，再用氯仿∶异戊醇抽提1次。（7） 加500 μl 事先在-20℃冰箱内预冷的异丙醇，上下颠倒混匀后，于4℃冰箱中沉淀 DNA 10～25 min。（8） 在高速离心机上 14000 r/min 离心 3 min，然后弃掉上清，得到沉于离心管底部的DNA。（9） 用500 μl 75%乙醇洗 DNA沉淀两次。倒掉乙醇，注意不要将DNA倒出。（10） 在超净工作台上干燥 DNA 2 h。（11） 将吹干的DNA溶于100 μl超纯水中。1.缓冲液的的制备取适量50×TBE缓冲液配制成1×TBE稀释缓冲液，待用。2.胶液的制备称取1 g琼脂糖，置于锥形瓶中，加入 100 ml 1×TBE 稀释缓冲液，放入微波炉里加热至琼脂糖全部熔化，取出摇匀，制成1%琼脂糖凝胶液。加热过程中要不时摇动，使附于瓶壁上的琼脂糖颗粒进入溶液。3.胶板的制备待凝胶温度稍低后加入5 μl EB （溴化乙锭），混匀，然后倒入模具中 （注意不要有气泡），加上合适的梳子形成加样孔，梳子的位置应该在托盘底面上0.5～1.0 mm。4.待胶完全凝固后拔出梳子注意不要损伤梳底部的凝胶，将模具放入电泳槽内并加入1×TBE稀释缓冲液至液面恰好没过胶板上表面。5.加样取10 μl DNA稀释液，用微量移液枪小心加入样品槽中。每加完一个样品要更换 tip 头，以防止互相污染，注意上样时要小心操作，避免损坏凝胶或将样品槽底部凝胶刺穿。6.电泳加完样后，合上电泳槽盖，立即接通电源。DNA 应该向阳极泳动，用120 V电压电泳15～30 min，停止电泳。1.6%非变性聚丙烯酰胺凝胶的制备方法（1） 胶板的制备。先用水将平板和耳朵板冲洗干净，将其平放在桌面上，用餐巾纸将其擦干之后，用 95%酒精擦洗 2 次，待其干后，将0.5%的 Banding silane 溶液均匀的倒在平板上，用餐巾纸迅速将其涂匀，待其晾干，然后将洗干净的梳子和压条整齐的摆在平板之上，将2%的 Repel silane溶液均匀的涂在耳朵板上 （此项操作应在通风橱中进行），待其晾干后，将其整齐摆放在平板之上，用夹子将其夹好。（2） 凝胶的制备。取50%的PA胶50 ml，加入60 μl的TEMED，120 μl 10%的过硫酸铵 （APS），温和混匀。（3） 灌胶。将混合好的胶沿着玻璃板的灌胶口缓缓灌入，注意使灌入的胶基本上沿着一条直线灌入，如不整齐，可用手轻轻拍打胶板，使胶保持同一直线灌入，避免气泡的产生。胶灌入到底部之后，迅速将梳子平面插入到两玻璃板之间，插好梳子之后，用夹子夹好，让其聚合1h后用于电泳。（4） 电泳。加入电极缓冲液lxTBE，50 W恒功率，预电泳10 min后，清除气泡，插入梳齿，将扩增好的 PCR 产物，加入6 μl的溴酚蓝，混匀95℃变性5 min，之后用微量加样器取6 μl，进行电泳1 h左右 （根据分子量的大小调整电泳时间）。2.非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的银染方法 （体积100 ml）（1） 固定。在磁盘中加入 10%的乙醇和 500 μl 冰乙酸，摇匀后加入凝胶，再平行摇动3～5 min。（2） 染色。在固定液中加入 1 ml 20%AgNO3 储备液后，平行摇动 5～8 min。（3） 漂洗。倒掉定影液，加入蒸馏水漂洗 2～3 次，洗净后，倒掉蒸馏水。（4） 显色。在磁盘中加入 100 ml 3%NaOH 溶液和 500 μl 甲醛，迅速振荡，使显影液均匀作用，然后平行摇动，直至显影。（5） 洗涤。清楚显影后，倒掉显影液，用自来水清洗凝胶 1～2次，彻底去掉显影液，以免保存时变色。1.胶回收（1） 将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳。（2） 在紫外灯下切出含有目的片段 DNA 的琼脂糖凝胶，用纸巾吸尽凝胶表面的液体。此时应注意尽量切除不含目的片段 DNA 部分的凝胶，尽量减小凝胶体积，提高 DNA 回收率。胶块超过 300 mg时，使用多个 Column 进行回收，否则严重影响回收率。注：切胶时注意不要将 DNA 长时间暴露于紫外灯下，以防 DNA损伤。（3） 切碎胶块。胶块切碎后可以加快操作步骤 6 的胶块溶解时间，提高 DNA 回收率。（4） 称量胶块重量，计算胶块体积。计算胶块体积时，以 1 mg=1μl 进行计算。（5） 向胶块中加入胶块溶解液 Buffer GM，Buffer GM 的加量如下表。凝胶浓度BufferGM使用量1.0%3个凝胶体积量1.0%～1.5%4个凝胶体积量1.5%～2.0%5个凝胶体积量（6） 将不溶解液与胶块充分混合后，15～25℃溶解胶块 （胶浓度较大或比较难溶时可以在 37℃加热）。间断振荡混合，使胶块充分溶解 （5～10 min）。注：胶块一定要充分溶解，否则将会严重影响 DNA 的回收率。高浓度凝胶可以适当延长溶胶时间。（7） 当凝胶完全溶解后，观察溶胶液的颜色，如果溶胶液颜色由黄色变为橙色或粉色，向上述胶块溶解液中加入 3M 醋酸钠溶液（pH值5.2） 10 μl，均匀混合至溶液恢复黄色。当分离小于 400 bp的DNA片段时，应在此溶液中再加入终浓度为 20%的异丙醇。（8） 将试剂盒中的 Spin Column 安置于 Collection Tube 上。（9）将上述操作步骤7的溶液转移至Spin Column中，12000r/min离心1min，弃滤液。注：如将滤液再加入Spin Column中离心一次，可以提高 DNA 的回收率。（10）将700μl的Buffer WB加入Spin Column中，室温12000r/min离心30s，弃滤液。注：确认Buffer WB中已经加入了指定体积的100%乙醇。（11） 重复操作步骤 10。（12） 将Spin Column安置于Collection Tube上，室温12000 r/min离心1 min。（13） 将Spin Column安置于新的1.5 ml的离心管上，在Spin Col-umn膜的中央处加入 30 μl 灭菌蒸馏水或 Elution Buffer，室温静置1 min。注：将灭菌蒸馏水或 Elution Buffer加热至60℃使用时有利于提高洗脱效率。（14） 室温12000 r/min离心1 min洗脱DNA。2.大肠杆菌感受态的制备（1） 取大肠杆菌DH5α 在 LB 培养基上划线，37℃培养箱内过夜培养，长出单菌落。（2） 挑取单菌落，接种于4 ml不含抗生素的LB培养基上，37℃振荡 （轻摇） 培养过夜。（3） 过夜培养的菌液与 LB 培养基按 1∶50 的比例转入三角瓶，37℃振荡培养 （约3 h），至OD600=0.4～0.6。（4） 4℃，5000 r/min离心5 min，轻轻倒掉上清，用5 ml （1/5体积） 预冷的0.1 mol/L Mgcl2悬浮细胞 （0.95 g/100 ml）。（5） 4℃，5000 r/min 离心 5 min，轻轻倒掉上清，用 12.5 ml （1/2体积） 预冷的 0.1 mol/L CaCl2悬浮细胞，冰浴放置 20 min（1.1 g/100 ml）。（6） 4℃，5000 r/min离心5 min，轻轻倒掉上清，用2.5 ml预冷的 0.1 mol/L CaCl2 （含 10%的甘油） 悬浮细胞，分装，每管120 μl。（7） 液氮速冻，-80℃保存。3.目的基因连接载体pMD-19T simple 1 μl，目的 DNA 4 μl，solution Ⅰ 5 μl，混匀后于16℃金属浴中反应30 min。4.目的基因转化（1） 1.5 ml离心管中加入10 μl的连接产物和50 μl大肠杆菌感受态细胞。（2） 冰上放置30 min。（3） 42℃金属浴加热45 s 后，冰中放置1 min。（4） 加入 500 μl LB 液体培养基，37℃，200 r/min 振荡培养45 min。（5） 取100 μl菌液涂板 （LB+Amp+），37℃过夜培养。（6） 过夜培养之后，挑取单克隆菌落，加到 LB 液体培养基（Amp+100 mg/L） 中37℃，200 r/min振荡培养6～8 h。（7） 菌液PCR检测正确后，送测序。序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置1CH03g12GCGCTGAAAAAGGTCAGTTTCAAGGATGCGCATGTATTTGChr12CH05g08CCAAGACCAAGGCAACATTTCCCTTCACCTCATTCTCACCChr13Hi02c07AGAGCTACGGGGATCCAAATGTTTAAGCATCCCGATTGAAAGGChr14Hi07d08TGACATGCTTTTAGAGGTGGACGTTTGAGGGGTGTCCGTACAAGChr15Hi12c02GCAATGGCGTTCTAGGATTCGTTTCACCAACAGCTGGGACAAGChr16C10455AAGGCAATACAAGACGGACGTTCACACCGAAAGCCTCTCTChr17Hi21g05GACGAGCTCAAGAAGCGAACGTTTGCTCTTGCCATTTTCTTTCGChr18C13810CGTCCTAGATAGATGCCCCACAGGACTCTAAGGACTGCCGChr1附表1 实验所用已发表SSR引物列表序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置9C13280CTCCTCCTCCCTCAGTACCCCCTTCACTCACCTTTCTCGCChr110C16757AATGGGACCCAACTGGTACATCGACCATACAAATTGCTGCChr111C6948CTTGGAGCTGTGAGAGTCCCCAAACCTCTCATCGCAACCTChr112KA4bAAAGGTCTCTCTCACTGTCTCCTCAGCCCAACTCAAAGCCChr113CH02a04GAAACAGGCGCCATTATTTGAAAGGAGACGTTGCAAGTGGChr214CH02b10CAAGGAAATCATCAAAGATTCAAGCAAGTGGCTTCGGATAGTTGChr215CH02c02aCTTCAAGTTCAGCATCAAGACAATAGGGCACACTTGCTGGTCChr216CH02c06TGACGAAATCCACTACTAATGCAGATTGCGCGCTTTTTAACATChr217CH02f06CCCTCTTCAGACCTGCATATGACTGTTTCCAAGCGATCAGGChr218CH03d01CGCACCACAAATCCAACTCAGAGTCAGAAGCACAGCCTCChr219CH03d10CTCCCTTACCAAAAACACCAAAGTGATTAAGAGAGTGATCGGGGChr220CH05e03CGAATATTTTCACTCTGACTGGGCAAGTTGTTGTACTGCTCCGACChr221Hi02a07TTGAAGCTAGCATTTGCCTGTTAGATTGCCCAAAGACTGGGChr222Hi05g12TCTCTAGCATCCATTGCTTCTGGTTTGTGTGTTCTCTCATCGGATTCChr223Hi07d12GGAATGAGGGAGAAGGAAGTGGTTTCCTCTTCACGTGGGATGTACCChr224Hi08f05GTGTGGGCGATTCTAACTGCGTTTCCTTTATTCTAAACATGCCACGTCChr225Hi08g12AGTTCGGTCGGTTCCGTAATGTTTAGGGCAAGGGGAAAGAAGTChr226Hi22d06CCCCGAGCTCTACCTCAAACATTATGTTTCCGGTTTTTGGChr227Hi24f04CCGACGGCTCAAAGACAACTGAAAAGTGAAGGGAATGGAAGChr228AJ251116GATCAGAAAATTGCTAGGAAAAGGAGAGAACGGTGAGCTCCTGAChr229AT000400CTCCCTTTGCTCCCTCTCTTAGGATGTCAGGGTTGTACGGChr230CN444636CACCACTTGAGTAATCGTAAGAGCGTTTGCCAGTTAAGGACCACAAGGChr231CN493139CACGACCTCCAAACCTATGCGTTTATGAAAGTACGGCACCCATCChr232CN581493GCTTTTCATGGTGGAAAAACTGGTTTGACTCTCCGCTCTGATGGACChr233NH033bGTCTGAAACAAAAAGCATCGCAACTGCCTCGTCTTCCTCCTTATCTCCChr234CH03e03GCACATTCTGCCTTATCTTGGAAAACCCACAAATAGCGCCChr335CH03g07AATAAGCATTCAAAGCAATCCGTTTTTCCAAATCGAGTTTCGTTChr336MS14h03CGCTCACCTCGTAGACGTATGCAATGGCTAAGCATAChr3附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-1序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置37Hi03d06TCATGGATCATTTCGGCTAAGTTTGCCAATTTTATCCAGGTTGCChr338Hi03e03ACGGGTGAGACTCCTTGTTGGTTTAACAGCGGGAGATCAAGAACChr339Hi04c10TGCGCATTTGATAGAGAGAGAAGTTTAACAAAGAACGACCCACCTGChr340Hi05f12TTTGGGTTTGGGTAGGTTAGGGTTTGTGCAGCGCATGCTAATGChr341Hi07e08TTCGTGCTAGGGAGTTGTAGCGTTTGCCTCCATAGGATTATTTGACChr342Hi15b02TATGGTGGCAACAGTGGAGAGTTTCGCCACCTCCACTTAACATCChr343Hi15h12GAACAAGAAGGACGCGAATCGTTTGGGCCTCGTTATCACTACCAChr344AU223657TTCTCCGTCCCCTTCAACTACACCTTGAGGCCTCTGTAGCChr345HGA8bAACAAGCAAAGGCAGAACAACATAGAGAAAGCAAAGCAAAChr346GD12CTAACGAAGCCGCCATTTCTTTTTGAGGTGTTTCTCCCATTGGAChr347IPPN15AACCATGGCATTGGATTGATGAAGCACTCAATGGGGAAAAChr348NZmsCN943818TGAACAGCTCATCGTCGGTACGGGAAGAGGAAATGTGATTChr349C9312TCCACCAGTGACAAGAGCTGAGGATTCAATCAGCTACGCCChr350C6359CGGAAATGGTCACTGGAACTTGGGACGGACACACACACChr351CH01b12CGCATGCTGACATGTTGAATCGGTGAGCCCTCTTATGTGAChr452CH01d03CCACTTGGCAATGACTCCTCACCTTACCGCCAATGTGAAGChr453CH02c02bTGCATGCATGGAAACGACTGGAAAAAGTCACACTGCTCCChr454CH02h11aCGTGGCATGCCTATCATTTGCTGTTTGAACCGCTTCCTTCChr455CH04e02GGCGATGACTACCAGGAAAAATGTAGCCAAGCCAGCGTATChr456CH05d02AAACTCCCTCACCTCACATCACAATAGTCCAATGGTGTGGATGGChr457Hi01e10TGGGCTTGTTTAGTGTGTCAGGTTTGGCTAGTGATGGTGGAGGTGChr458Hi07b02ATTTGGGGTTTCAACAATGGGTTTCGGACATCAAACAAATGTGCChr459Hi08e04GCATGGTGGCCTTTCTAAGGTTTACCCTCTGACTCAACCCAACChr460Hi08h03GCAATGGCGTTCTAGGATTCGGTGGTGAACCCTTAATTGGChr461Hi23d11bGACAGCCAGAAGAACCCAACGTTTATTGGTCCATTTCCCAGGAGChr462Hi23g02TTTTCCAGGATATACTACCCTTCCGTTTCTTCGAGGTCAGGGTTTGChr463Hi23g08AGCCGTTTCCCTCCGTTTGTTTGTGGATGAGAAGCACAGTCAChr464AT000420TTGGACCAATTATCTCTGCTATTGATGTGGTCAGGGAGAGGAGChr4附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-2序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置65MSS6CGAAACTCAAAAACGAAATCAAACGGGAGAGAAACTCAAGACCChr466C12595ATGAAAACCCACAAAACCCAAAACCATACACAACGCCACAChr467C13146CTGGGAAAAATGGGGAAAATGCTTTCCCTTTCCTTCTTCAAChr468C15TTGCGAGAAAGCTAAAAACCACAGACTCTGCAACCCCTCTCChr469CH01d07AGTCGAAATCCCGAACAATCAAAATCCAGTTTTCCACCTCChr470NZ01a6TTAGACGACGCTACTTGTCCTAGGATTGCTGGAAAAGGAGGChr471GD162AAAATGTAACAACCCGTCCAAGTGGAGGCAAGTGACAAAGAAAGATGChr472NH011bTTTGCCGTTGGACCGAGCGGTTCACATAGAGAGAGAGAGChr473CH02a08GAGGAGCTGAAGCAGCAGAGATGCCAACAAAAGCATAGCCChr574CH02b12GGCAGGCTTTACGATTATGCCCCACTAAAAGTTCACAGGCChr575CH03a04GACGCATAACTTCTCTTCCACCTCAAGGTGTGCTAGACAAGGAGChr576CH03a09GCCAGGTGTGACTCCTTCTCCTGCAGCTGCTGAAACTGGChr577CH04e03TTGAAGATGTTTGGCTGTGCTGCATGTCTGTCTCCTCCATChr578CH04g09TTGTCGCACAAGCCAGTTTAGAAGACTCATGGGTGCCATTChr579CH05e06ACACGCACAGAGACAGAGACATGTTGAATAGCATCCCAAATGGTChr580CH05f06TTAGATCCGGTCACTCTCCACTTGGAGGAAGACGAAGAAGAAAGChr581Hi01c04GCTGCCGTTGACGTTAGAGGTTTGTAGAAGTGGCGTTTGAGGChr582Hi02a03GACATGTGGTAGAACTCATCGGTTTAGTGCGATTCATTTCCAAGGChr583Hi04a08TTGAAGGAGTTTCCGGTTTGGTTTCACTCTGTGCTGGATTATGCChr584Hi04d02TTCGTGGCTGAGAAAGGAGTGTTTGTACGGTGCATTGTGAAAGChr585Hi08a04TTGTCCTTCTGTGGTTGCAGGTTTGAAGGTAAGGGCATTGTGGChr586Hi08h08TGAACAAATTCCACCACGAAGTTTGCCAAGGCTACAATTTTCAChr587Hi09b04GCGATGACCAATCTCTGAAACTGGGCTTGAATTGGTGAATCChr588Hi11a03GGAATTGGAGCTTGATGCAGGTTTCATACGGAATGGCAAATCGChr589Hi15e04AAACCTCTGCATTCCGTCTCCTCATACTCCTCCCACATTGTCChr590Hi21c08TTCTTCTCCTCCACCACCTCGTTTGTCACTGAGAAGGCGGTAGCChr591Hi22a07CTCTTCCTTCTCCGCCTCTTGTTTCACTCAGAATGCCTCACAGCChr592Hi22f12GGCCTCACCCAGTCTACATTGTTTGGTGTGATGGGGTACTTTGCChr5附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-3序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置93AU223670GGACTCAATGCCTTTTCTGGAGGATGGCAGCAATCTTGAAChr594CN445599TCAAATGGGTTCGATCTTCACGTTTGCCTGGCTGTAACTGTTTGGChr595CN496002TCAGAATCTCAAGCAAGATCCTCGTTTGATTGATCGTGGCGATATGChr596CH03d07CAAATCAATGCAAAACTGTCAGGCTTCTGGCCATGATTTTAChr697CH03d12GCCCAGAAGCAATAAGTAAACCATTGCTCCATGCATAAAGGGChr698CH05a05TGTATCAGTGGTTTGCATGAACGCAACTCCCAACTCTTCTTTCTChr699Hi03a03ACACTTCCGGATTTCTGCTCGTTTGTTGCTGTTGGATTATGCCChr6100CH01b11AACCTAACCAAACACGTACGGTTCGGCTGTACTCTTTGAGChr6101Hi04d10AAATTCCCACTCCTCCCTGTGTTTGAGACGGATTGGGGTAGChr6102Hi05d10AATGGGTGGTTTGGGCTTAGTTTCTTTGGCTATTAGGCCTGCChr6103Hi07b06AGCTGCAGGTAGAGTTCCAAGGTTTCATTACCATTACACGTACAGCChr6104Hi08g03ATTCACTTCCACCGCCATAGGTTTGGAATGATTGCGAGTGAAGCChr6105CN445290TCTCAGTTGCTCTGGCTTTGGTTTGCAATCAATGCCACTCTTCChr6106U78949TTTGTCTACCTCTGATCTTAACCAACAGCATCGCAGAGAACTGAGChr6107CH04e05AGGCTAACAGAAATGTGGTTTGATGGCTCCTATTGCCATCATChr7108Hi01d05GGTATCCTCTTCATCGCCTGTTAGATTGACGTTCCGACCCChr7109Hi03a10GGACCTGCTTCCCCTTATTCGTTTCAGGGAACTTGTTTGATGGChr7110Hi12f04ATTGTCCCCACAAAATTGGATGTTCGATGTGACTTCAATGCChr7111CN444794CATGGCAGGTGCTAAACTTGAAACTGAAGCCATGAGGGCChr7112CH02b11CACAACGCAGTTCGATCACTACCTTACCTGGTAGAGAGAGAChr7113EMPc111CCGATCAGAAAGAGCTGTGAGTCAAACCTTCCAACCTCAACAATChr7114Hi05b09GTTTCTAACGTGCGCCTAACGTGAAACCCAACCCAAAGAGTGGChr7115MS06c09AATATAAGAGCCAGAGGCACTATTGGAGTAAGTCGAChr7116Z38126AAGAGGGTGTTCCCAGATCCAATTCCAATTTCAGAACAGGChr7117CH01c06TTCCCCATCATCGATCTCTCAGGAGGGATTGTTTGTGCACChr8118CH01f09ATGTACATCAAAGTGTGGATTGCAAACAAACCAGTACCGCAAChr8119CH01h10TGCAAAGATAGGTAGATATATGCCATTTTGACCCCATAAAACCCACChr8120CH02g09TCAGACAGAAGAGGAACTGTATTTGGTTTGAGTTTGATCTCCAACATTACChr8附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-4序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置121CH05a02GTTGCAAGAGTTGCATGTTAGCGTTTGAGCAGAGGTTGCTGTTGCChr8122Hi01c11TTGGGCCACTTCACAACAGGGTGCGCTGTCTTCCATAAAChr8123Hi04b12CCCAAACTCCCAACAAAGCGTTTAGTTGCTAATGGCGTGTCGChr8124Hi04e05AAGGGTGTTTGCGGAGTTAGGTTTGTCTACAACTGTCTGATGGTAGCChr8125Hi20b03AAACTGCAATCCACAACTGCGTTTAAAGGGGCCCACAAAGTGChr8126Hi22g06GAAAGGACCGAATTTCATGCGGACATGGATGAAGAATTGGAChr8127Hi23g12CCCTTCCCTACCAAATGGACCTCCCCGGCTCCTATTCTACChr8128Z71980TCTTTCTCTGAAGCTCTCATCTTTCATCTTTTGGTGCTCCCACACChr8129CH01f03bGAGAAGCAAATGCAAAACCCGGGATGCATTGCTAAATAGGATChr9130CH01h02AGAGCTTCGAGCTTCGTTTGTGATTGCCACATGTCAGTGTTChr9131CH05c07TGATGCATTAGGGCTTGTACTTGTTTACCAATTAGGACTTAAAGCTGChr9132CH05d08TCATGGATGGGAAAAAGAGGGTTTCATGTCAAATCCGATCATCACChr9133Hi01d01CTGAAATGGAAGGCTTGGAGATTTATGGTGATGGTGTGAACGTGChr9134Hi04a05GGCAGCAGGGATGTATTCTGGTTTCAAGAACCGTGCGAAATGChr9135Hi05e07CCCAAGTCCCTATCCCTCTCGCTTAATAGAAACATCGCTGAChr9136Hi23d06TTGAAACCCGTACATTCAACTCGTTTGCAGTGGATTGATGTTCCChr9137AJ320188AACGATGCTTGAGGAAGAACACCTCCCGTCTCCCACCATATTAGChr9138CN444542ATAAGCCAGGCCACCAAATCCGTTTTTGGAGCGTAGGAACChr9139NH029aGAAGAAAACCAGAGCAGGGCAGCAAAAACCACAGGCATAACChr9140CH02a10ATGCCAATGCATGAGACAAAACACGCAGCTGAAACACTTGChr10141CH02b03bATAAGGATACAAAAACCCTACACAGGACATGTTTGGTTGAAAACTTGChr10142CH02b07CCAGACAAGTCATCACAACACTCATGTCGATGTCGCTCTGTTGChr10143CH02c11TGAAGGCAATCACTCTGTGCTTCCGAGAATCCTCTTCGACChr10144CH03d11ACCCCACAGAAACCTTCTCCCAACTGCAAGAATCGCAGAGChr10145COLAGGAGAAAGGCGTTTACCTGGACTCATTCTTCGTCGTCACTGChr10146MS01a03AGCAGTATAGGTCTTCAGTGCGTAGATAACACTCGATChr10147MS02a01CTCCTACATTGACATTGCATTAGACATTTGATGAGACTGChr10148MS06g03CGGAGGGTGTGCTGCCGAAGGCCCAGCCCATATCTGCTChr10附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-5序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置149Hi01a03CGAATGAAATGTCTAAACAGGCAAGCTACAGGCTTGTTGATAACGChr10150Hi01b01GCTACAGGCTTGTTGATAACGCACGAATGAAATGTCTAAACAGGCChr10151Hi02d04TGCTGAGTTGGCTAGAAGAGCGTTTAAGTTCGCCAACATCGTCTCChr10152Hi03c04CGTAAATAGCGAATCCGATACCGTTTCAACATCTGTGGGTCATTGCChr10153Hi03f06ACGATTTGGTGATCCGATTCGTTTCGTCGCATTGTGCTTCACChr10154Hi04f08CGTGAAAACTCTAACTCTCCGTTTGAAAAGCGCATCAAAGTTCCChr10155Hi05b02GATGCGGTTTGACTTGCTTCGTTTCTCCAGCTCCCATAGATTGCChr10156Hi08g06AATCGAACCAGCACAGGAAGGTTTAGATGGAGGTCGTGGTTACGChr10157Hi08h12GAAGGAAATCATCATCAAGACGGTTTCAAGACCATGGAACAACTTGGChr10158Hi21f08GAGAAAACGCAGAAGCATTGAGTAATGATTTCATCGCGAGTCChr10159Hi22f04TCAATCCTCTGCTCTTCAAGGGTTTAATCACCTGCTGCTGCTTGChr10160AF057134ACTACCCAATGCCCACAAAGTATCCTCGCCCAAAAGACTGChr10161AU223548ACCACCACTGCAGAGACTCAGACGCACCCATTCATCTTTTChr10162CH02d08TCCAAAATGGCGTACCTCTCGCAGACACTCACTCACTATCTCTCChr11163CH02d12AACCAGATTTGCTTGCCATCGCTGGTGGTAAACGTGGTGChr11164CH03d02AAACTTTCACTTTCACCCACGACTACATTTTTAGATTTGTGCGTCChr11165CH04a12CAGCCTGCAACTGCACTTATATCCATGGTCCCATAAACCAChr11166CH04d07TGTCCTCCAATCTTAACCCGCACACAGACGACACATTCACCChr11167CH04d10GAGGGATCTGTAGCTCCGACTGGTGAGTATCTGCTCGCTGChr11168CH04g07CCCTAACCTCAATCCCCAATATGAGGCAGGTGAAGAAGGAChr11169CH04h02GGAAGCTGCATGATGAGACCCTCAAGGATTTCATGCCCACChr11170Hi01d06GGAGAGTTCCTGGGTTCCACAAGTGCACCCACACCCTTACChr11171Hi02a09ATCTCTAAGGGCAGGCAGACCTGACTCTTTGGGAAGGGCChr11172Hi02c06AGCAAGCGGTTGGAGAGAGTTTGCAACAGGTGGACTTGCTCTChr11173Hi04g11CAGAGGATTATCAATTGGACGCAAACTATCTCCAGTTATCCTGCTTCChr11174Hi06b06GGTGGGATTGTGGTTACTGGGTTTCATCGTCGGCAAGAACTAGAGChr11175Hi07d11CCTTAGGGCCTTTGTGGTAAGGTTTGAGCCGATTAGGGTTTAGGGChr11176Hi07g10TATTGGGTTTTGGGTTTGGAGTTTCAACCCTTTTGGTTGTGAGGChr11附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-6序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置177Hi09a01GAAGCAACCACCAGAAGAGCGTTTCCCATTCGCTGGTACTTGAGChr11178Hi16d02AACCCAACTGCCTCCTTTTCGTTTCGACATGATCTGCCTTGChr11179Hi23d02CCGGCATATCAAAGTCTTCCGTTTGATGGTCTGAGGCAATGGAGChr11180CN491050CGCTGATGCGATAATCAATGGTTTCACCCACAGAATCACCAGAChr11181CH01d09GCCATCTGAACAGAATGTGCCCCTTCATTCACATTTCCAGChr12182CH01f02ACCACATTAGAGCAGTTGAGGCTGGTTTGTTTTCCTCCAGCChr12183CH01g12CCCACCAATCAAAAATCACCTGAAGTATGGTGGTGCGTTCChr12184CH03c02TCACTATTTACGGGATCAAGCAGTGCAGAGTCTTTGACAAGGCChr12185CH04d02CGTACGCTGCTTCTTTTGCTCTATCCACCACCCGTCAACTChr12186CH04g04AGTGGCTGATGAGGATGAGGGCTAGTTGCACCAAGTTCACAChr12187CH05d04ACTTGTGAGCCGTGAGAGGTTCCGAAGGTATGCTTCGATTChr12188CH05d11CACAACCTGATATCCGGGACGAGAAGGTCGTACATTCCTCAAChr12189CH05g07CCCAAGCAATATAGTGAATCTCAATTCATCTCCTGCTGCAAATAACChr12190MS14b04CCTTAAGAATCATGTGATACTAATGGCACAAAGATTGTChr12191Hi02b07TGTGAGCCTCTCCTATTGGGTGGCAGTCATCTAACCTCCCChr12192Hi02d05GAGGGAGAATCGGTGCATAGCATCCCTCAGACCCTCATTGChr12193Hi03b03TGAATTGAGTTTGAGAATGGAATGGTTTGTCAGGACGGGTAATCAAGGChr12194Hi07f01GGAGGGCTTTAGTTGGGAACGTTTGAGCTCCACTTCCAACTCCChr12195CN496913TGCCTTTGAGAATCGAAATGTGTTTGTCAATTTCTTGGAACTCChr12196CH03a08TTGGTTTGCTAGGAAAAGAAGGAAGTTTATCGGGCCTACACGChr13197CH03h03AAGAAATCGGATCCAAAACAACTCCCTCAAAGATTGCTCCTGChr13198CH05c04CCTTCGTTATCTTCCTTGCATTGAGCTTAAGAATAAGAGAAGGGGChr13199CH05f04GATGATGGTGCTCTCGGTTATTTTATGTTGGGTAATGTCTTCCGChr13200Hi03e04CTTCACACCGTTTGGACCTCGTTTCATATCCCACCACCACAGAAGChr13201Hi04a02TTCGTGGAAACCTAATTGCAGGTTTCCTCTGCTTCTTCATCTTTGCChr13202Hi04f09ACTGGGTGGCTTGATTTGAGGTTTCAACTCACACCCTCTACATGCChr13203Hi04g05CTGAAACAGGAAACCAATGCGTTTCGTAGAAGCATCGTTGCAGChr13204Hi08e06GCAATGGCGTTCTAGGATTCGTTTGGCTGCTTGGAGATGTGChr13附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-7序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置205Hi08f06CTTAGAGCATAGATGACCTGCAAGTTTAGAAATCCAACGGCCAAAGChr13206AU223486TGACTCCATGGTTTCAGACGAGCAATTCCTCCTCCTCCTCChr13207GD147TCCCGCCATTTCTCTGCGTTTAAACCGCTGCTGCTGAACChr13208NH009bCCGAGCACTACCATTGACGTCTGTTTACCGCTTCTChr13209CH01e01GGTTGGAGGGACCAATCATTCCCACTCTCTGTGCCAGATCChr14210CH01g05CATCAGTCTCTTGCACTGGAAAGACAGAGTAAGCTAGGGCTAGGGChr14211CH03a02TTGTGGACGTTCTGTGTTGGCAAGTTCAACAGCTCAAGATGAChr14212CH03d08CATCAGTCTCTTGCACTGGAAATAGGGCTAGGGAGAGATGATGAChr14213CH03g04ATGTCCAATGTAGACACGCAACTTGAAGATGGCCTAACCTTGTTChr14214CH04c07GGCCTTCCATGTCTCAGAAGCCTCATGCCCTCCACTAACAChr14215CH04f06GGCTCAGAGTACTTGCAGAGGATCCTTAAGCGCTCTCCACAChr14216CH05d03TACCTGAAAGAGGAAGCCCTTCATTCCTTCTCACATCCACTChr14217CH05e05TCCTAGCGATAGCTTGTGAGAGGAAACCACCAAACCGTTACAATChr14218CH05g11GCAAACCAACCTCTGGTGATAAACTGTTCCAACGACGCTAChr14219MS01a05GGAAGGAACATGCAGACTTGATGTTTCATCTTTACAChr14220Hi01c09AAAGGCGAGGGATAAGAAGCGTTTGCACATTTGAGCTGTCAAGCChr14221Hi02d11GCAATGTTGTGGGTGACAAGGTTTGCAGAATCAAAACCAAGCAAGChr14222Hi08c05TCATATAGCCGACCCCACTTAGGTTTCACACTCCAAGATTGCATACGChr14223Hi21e04TGGAAACCTGTTGTGGGATTTGCAGAGCGGATGTAAGTTGChr14224Hi23b12TGAGCGCAATGACGTTTTAGGTTTCAGGCTTTCCCTTCAGTGTCChr14225AJ000761aCTGGGTGGATGCTTTGACTTTCAATGACATTAATTCAACTTACAAAAChr14226AJ000761bCCCTAAACACACAGCCTCCTGTTTCAGCATCGCAGAGAACTGAGChr14227U78948GATCGTCCGCCACCTTAATAGGGTTTTCATCATGCACATTChr14228CH01d08CTCCGCCGCTATAACACTTCTACTCTGGAGGGTATGTCAAAGChr15229CH02c09TTATGTACCAACTTTGCTAACCTCAGAAGCAGCAGAGGAGGATGChr15230CH02d11AGCGTCCAGAGCAACAGCAACAAAAGCAGATCCGTTGCChr15231CH03b06GCATCCTTGAATGAGGTTCACTCCAATCACCAAATCAATGTCACChr15232CH03b10CCCTCCAAAATATCTCCTCCTCCGTTGTCCTGCTCATCATACTCChr15附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-8序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置233CH04g10CAAAGATGTGGTGTGAAGAGGAGGAGGCAAAAAGAGTGAACCTChr15234Hi01c06TTAGCCCGTATTTGGACCAGGTTTCACCTACACACACGCATGGChr15235Hi02d02TTCCTAGGCTACCCGAAATATGGTTTCTGGCATGGACATTCAACCChr15236Hi02f06TAAATACGAGTGCCTCGGTGGCAGTTGAAGCTGGGATTGChr15237Hi02g06AGATAGGTTTCACCGTCTCAGCGACCTCTTTGGTGCGTCTGChr15238Hi03a06TGGTGAGAGAAGGTGACAGGGTTTAAGGCCGGGATTATTAGTCGChr15239Hi03g06TGCCAATACTCCCTCATTTACCGTTTAAACAGAACTGCACCACATCCChr15240Hi04c05AGGATGCTCTGCCTGTCTTCGTTTCTCACTCGCCTGCTCTATCCChr15241Hi06f09AACCAAGGAACCCACATCAGGTTTCACTTACACACGCACACACGChr15242Hi09f01CACCACCAAATTCTCCATCTTCGTTTACCGCCAAATGCTTTGTTACChr15243Hi11a01ACCGCCAAATGCTTTGTTACGTTTCCTCCATTAAACTCCTCAGTGChr15244Hi15c07TCACTTCCCATCATCACTGCGTTTCAATGTCGAGGCTGGTAATGChr15245Z71981GCACTTACCTTTGTTGGGTCACCGGCATTCCAAATGTAACTChr15246CH02a03AGAAGTTTTCACGGGTGCCTGGAGACATGCAGAATGGAGChr16247CH02d10aTGATTTCCTTTTTCGCAAGGTTCATCGTTCCCTCTCAAACChr16248CH04f10GTAATGGAAATACAGTTTCACAATTAAATGCTTGGTGTGTTTTGCChr16249CH05a04GAAGCGAATTTTGCACGAATGCTTTTGTTTCATTGAATCCCCChr16250CH05c06ATTGGAACTCTCCGTATTGTGCATCAACAGTAGTGGTAGCCGGTChr16251CH05e04AAGGAGAAGACCGTGTGAAATCCATGGATAAGGCATAGTCAGGAChr16252Hi01a08AAGTCCAATCGCACTCACGCGTAGCTCTCTCCCGATACGChr16253Hi02b10TGTCTCAAGAACACAGCTATCACCGCCGTTTCTTGGAGGCAGTAGTGCAGChr16254Hi02h08AACGGCTTCTTGTCAACACCGTTTGGCTGGGAATATATGATCAGGTGChr16255Hi04e04GACCACGAAGCGCTGTTAAGGTTTCGGTAATTCCTTCCATCTTGChr16256Hi08d09ACTCATACCCATCGTATTGGTTTACTGCATCCCTTACCACCACChr16257Hi08f12GGTTTGTAACCCGTCTCTCGGTTTCGTAGCTCTCTCCCGATACGChr16258Hi12a02GCAAGTCGTAGGGTGAAGCTCGTTTAGTATGTTCCCTCGGTGACGChr16259Hi15a13TTCTCCCCTTCTAAACCAACCGGTTTCTTGGCGTAACATTGChr16260Hi15g11TGACATGCATAGGGTTACATGCGTTTGGGTTCGTAATCGTTCTTGTGChr16附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-9序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置261Hi22f06CAATGGCGTCTGTGTCACTCGTTTACGACGGGTAAGGTGATGTCChr16262AU301431TCTTCCTCCTCCTCCTCCTCTCTTTTTCTTGGGGTCTTGGChr16263NB102aTGTTATCACCTGAGCTACTGCCCTTCCTCTTTATTTGCCGTCTTChr16264CH01h01GAAAGACTTGCAGTGGGAGCGGAGTGGGTTTGAGAAGGTTAChr17265CH02g04TTTTACCTTTTTACGTACTTGAGCGGCTTGGAAAAGGTCACTTGCChr17266CH04c06GCTGCTGCTGCTTCTAGGTTGGCAAAACTCTGCAAGTCCChr17267CH05g03GCTTTGAATGGATACAGGAACCCCTGTCTCATGGCATTGTTGChr17268Hi02f12ACATGGCCGAAGACAATGACGTTTCAACCTTTATCCCTCCATCTTTCChr17269Hi03c05GAAGAGAGAGGCCATGATACGTTTAACTGAAACTTCAATCTAGGChr17270Hi05c06TGCGTGTATGGTTGGTTTTGTGTTTTCTTTGGTTTTAGTTGGTGChr17271Hi07h02CAAATTGGCAACTGGGTCTGGTTTAGGTGGAGGTGAAGGGATGChr17272AF527800TGGAAAGGGTTGATTGACCTAACAGCGGGTGGTAAATCTCChr17273AJ001681CCTGAGGTTATTGACCCAAAACACTCAGTTGGAAAACCCTACAChr17274AT000174CGGAGGCCGCTATAATTAGGCCTGGAAAGAAAGTAAAAGGACAChr17275AY187627GAGGACTGAATTGGTTGAGGTCGTTTCTCACCCGTATATAGGCCAACChr17276CH05a09TGATTTAGACGTCCACTTCACCTTGATTGGATCATGGTGACTAGGChr17277BGA35AGAGGGAGAAAGGCGATTGCTTCATCACCGTCTGCTChr17278BGT23bCACATTCAAAGATTAAGATACTCAGCCTTTTTTTCCCACChr17279KA5CAACAACAACAAAAAACAGTAAAGCCTTAGAAATAGAAACAACAChr17280KA14ATGGCAAGGGATATTATTAGTCATTGTAGCATTTTTATTTTTChr17281KA16GCCAGCGAACTCAAATCTAACGAGAACGACGAGCGChr17282KB16GATTTTGTCCGCAGGTAAAGAACAGCAAGAACCAChr17283KU10AGTATGTGACAACCCCGATGTTAGAGTCGGTTGGGAAATGATTGChr17284NB103aTTGTAGGGAAAATGATGCCAGTGTTGATACTCTCTCTCTCChr17285NB105aAAACAACCGACTGAGCAACATCAAAATCTTAGCCCAAAATCTCCChr17286NB106aGTACGTCGACATGAGAGAGTCTCTTGTTCCTTCCTGCACChr17287NB109aATGCTCTATAAAACCCACCTACCAGAGGGACCATTGTGTTATTGTATChr17288NB110aTGATGATGTGATTTGATGGAGTGCCATTCCATTGTACGGATTChr17附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-10序号引物名称正向引物序列反向引物序列染色体位置289NB111aCCAAGCTGTGATTATAGGAAGAGGCTGAAAGATTGTAAGGTChr17290NB113aATGAAATATGTCGTGTTGCCCTTAGCCCTTCCTCAGCATGTTTCCTAGACChr17291NH007bACCTTGATGGGAACTGAACAATAGTAGATTGCAATTACTCChr17292NH019bGAGATGGAGTAGTAAAGAAGAAGGACGACATAGTGAAAACAGAAGChr17293NH020aGGATCAGCCAAGAGGAGGTGCGAGATGCAGAGGACGACGChr17294NH021aATCTCAATTTTCTCGGTAACCACTGATATCTCTCTGCACTCCCTChr17295NH022aCATGAAGTGCGTAGAAGTTGGTGTCCCAATAATGATAAGTTCCCAAAGChr17296NH023aGATGCTAGAAGGAAGGAATGATGGCTTTTCAACCCCTTCACCTTCTCChr17297NH024bACCAAAAGTAGAGAGAGAGACCCAACCAGACTAAAAGAGAChr17298NH025aCTGGACACAAACATTCAAGAGGGCACACCAGAAACTCCAAAACAGGChr17299NH027aTAATGTGTTGGGGAGAGAGAGGCTCTTGTTCCTTGCTCCTAAChr17300NH030aGCAACAGATAGGAGCAAAGAGGCTCCAAAGTTCAAChr17附表1 实验所用已发表SSR引物列表（续）-111.基因MDP0000686092编码的氨基酸序列MSDDKMAHDIEXQLDNLSGLSPERCIYRVPERLRQVNEKAYTPQVV XVGPLHHGNGPLKAMEEHKLRYLKHFLSKTKVKLSDCLQKIQEQXKELR GFYAEPIXFDKGEFVRIVSVDAAFVIDLLLRFEVVNYREDEDDYIFSKPTM KSDVIRDLQLLENQLPFFILQDLFKLIPPQLQLQLPSLLEISYNFFQSXIDSE VKXEKFNKISSSGVEVKHFVDLIRILYLPLEPKXKPKTTATPKTRDXPNVT ELHQAGAKFKVGKGSSLFDIKFSCGILKIXKLRVDDTTDLKLRNLLAFEQC HHRKEEEDXLANYVFLMKRLAKTREDVQLLVEKGIIENWLGDTQKISNLL HDLGTGMIVDDWYYAPHXEKLIEYRXVLCRGWMVILKQKYFNTPWSTIS VAAAVILLILTLIQTACSYKSVPLL*2.基因MDP0000205432编码的氨基酸序列MAIEGRFNWSRTSHSFSALCKNRKAATLSRRNLRRESPPQPCKKTGI KSVGLKPTWSFSLLASCCCWTIGRAMRGLEETTCRWRRGGRKMKRKDY EELDDDFFSPSSKSRRLDAGLFATLNEDQSSAAQVFDEKPAPETSVVMQT DDLPTDPLPSGDEXALVLYNPTNTRIFKAPDSQDFSVIVNSDLIPGLREDX GSDEENKEVSNRCMAVVPWVAPNFPPASRDETQAASQSESMEVEMMDT DDNGYNGAEASGFGGTMMEGPGGIQYWQQQQLRWMEPQLFQNNITPVT3.基因MDP0000120033编码的氨基酸序列KNNWRVELSHNSRGGGGGRGGGGRGRSGGSDLKCYECGEPGHFAR ECRLRGGGGGGGGGGRRRSRTPPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLT PRGNSRSRSPPYRGREELPYANGMTFHLIHAMMQWSEGSPPKQELRSAY MATWRCFRRYTGIKCCLVCLDISTTMFKLGDALSLYCLSDLVKFLPFLTLA GFIYLCKIGVGIRILKVSSASSASLVLFFCTPLAPGIFVLHYCPALGSSILNGC RSQPARASILCFCTLPGISSLPCYWDLQFXIVVDPSLLSAELLFSLNFVGSN APPSNYYSXICLIEQWVTPRMFLFYRSWRFGSDNRFSDPTPIFLPLIFNWIQ KYRNKFGSKGNLDHTETLTPCFVVG4.基因MDP0000864010编码的氨基酸序列MESEGTPYAPKSILITGAAGFIGSHVTNRLIKNYPSYKIVALDKIDYCS SFKNLRPCRSSPNFKFVKGDIACADLINHLLIADEIDTIMHFAAQTHVDNSF GNSFEFTNNNVYGTHVLLEACKVTQRVKRFIHVSTDEVYGETDMETNIGN PEASQLLPTNPYSATKAGAEMLVMAYHRSYGLPTITTRSNNVYGPHQYP EKLIPKFSLLAMKGEKLPIHGNGSNVRSYLYCDDVAEAFDVILHKGVIGH VYNIGTKKERSVLNVAEDICKMIGLNSKEAITFVQDRPFNDQRYFLDDQK LKRLGWDVRTSWEEGLKLTTEWYTKHADWWGDVSAALHPHPSFAVISR PNDDSWFFEYGFTRLSRTCNEGSNSSELKFLIYGRTGWIGGLLGKLCKGEG IXFEYGKGRLEDRKSLLEDITRVQPTHVFNAAGVTGRPNVDWCEXHKAQ TIRTNVAGTLNLADVCKDQGLLMMNFATGCIFEYDKEHPLGSGIGFKEED NPNFTGSFYSKTKAMVEELLKEYDKVCTLRVRMPISSDLSNPRNFITKIAR XDKVVNIPNSMTVLDELLPISIEMARRNCRGIWNFTNPGVISHNEILEMYR DYIDPKLKWQNFDLEEQAKVIVAPRSNNELDASKLKKEFPELLSIKDSIIK YVFEPIKKT*5.基因MDP0000945764编码的氨基酸序列MDVLVGPTFSLDVSSYGPAPTQDNRNRGGLYLNQDRGAAVAEEASS DSSSSIGVPDDSEEEEDSKGDNGDEVQSKFNGGGGGGLGSLGSFGSLEDSL PIKRGLSNYFSGKSKSFASLSEVSSTVSSVKEVEKQDNPFNKRRRVLIASK WSRRSSSSSSLYNWPNPKSMPLLALAEDGDEDDDEHDRDREGEGENASS EQSSSDEKEDQERRRXPQKLLDRRLKSFKSKSCYCLSDLQEHDEQ*引物名称正向引物序列反向引物序列SNP4970R：TGGACAAACAGGAAGCACGF：CAGCGACAGTGGCGACAASNP4236R：GCTTATCATAAAAAGCAAGACCACF：ATCATATAATTGTGTAATTTAGTAGAACASNP4257R：GGAGTCATAAGCCACAACGAGF：TCAGCTTTGAAGCATCCAATTSNP4336R：AGTTCGTTCTTTTCCGTTGCTF：GCGGTCCTGATTCAGGTACAGSNP3955R：CCCTTAAAAGCCATGGAAGAGF：GTTCTGCATAAAAACCTCGCASNP4094R：GGGTTTTGTGAGGAGGAGGAGF：CGAAGATTGCGACGGGATAGSNP3969R：CTCGTTAGGCCAAGACAAGCF：TTCAAAGAGTAGGTAGGAAGGGT附表2 SNP、InDel引物设计引物名称正向引物序列反向引物序列SNP4137R：GCACGAGTATGATGTTGCTAATGF：CCATCTTATGTCCCCAATTTGTAGSNP42992R：GGTTATACATAGAGGCACTTAGAGCF：GCACAAAACTTAGATCAAAGATGAGSNP42994R：TCAACTCATGTGCAGGAATTGGF：GCTGTGACATAAACCAGGTGAGASNP4376R：GTTTGCTGAGAAATTGATTGGAF：CCATTTCTCCTGGGGCATAGSNP4390R：AGGGCTTGGCTCACAATACTCF：TCAGGTCACAGTTGTTTTGGCSNP4432R：CGAGGAGCAAACGATAGTCAGF：ATTGGTCTCCGAATTAGAAGTCCSNP4782R：GGAGAGCGATTTATTCTACCCTACF：AGACGAAGAAAGCAACGAAAGASNP4842R：GGTCAAAATTGTCCTAGCCTATTTCF：TCCCTCATTTCCTCTTTTTACCTACSNP4878R：GAAGCAGCAGTGCAGGATGAGF：CCATAGCCCTTTGCTCTATTTGTSNP4903R：CTAGGCAAATTTAGGTAAATTTCTTAF：GACAGGTTATCAGTTTATAGCATCAAGSNP4960R：TGAGGCTATCACATTTCCAACGF：GGTTAGATGCAGCCCGATTTindel4199R：ATTGTGAAACCTTGATTGGGF：GAGATTATCCTTATTTTGTGGGindel4209R：ATGGAACGTAAGAACAAGGAF：TTGCTGAGAAGAGTACAAGTGindel4225R：AGGCGCGGTGTTGTCTAAF：CCTCAGGTGCAATAATCATCAindel4227R：AGCGTTGCTATGCTTCTAATGF：AAGATGGAAATGGTATGTGATindel4229R：AACAGAAACATTCGAGGCGTAF：TCCTTGAACTTCGTCGGTAGCindel4235R：GTGTGAAAGCTCAACTCTCCF：CAGCCTTCTCATCGGGTAGindel4246R：GGTAGCACATGCATACTGACAF：CGTTTTGGTAACTAAATCTCCindel4247R：ATGAATGTTTCGCCGAGCF：GTTCAACCATTTTATTGGATTTTindel4254R：ATAAAGTCACTTCTAGCACAAATAF：CGAAAAACGCTTTACTTAGGindel4268R：TCCACAGAAAACAACTAAAAAF：GTTTGCCAATGGGAATGindel42686R：GGCATGAATAGTTTCCACAGAF：TTTGCCAATGGGAATGTTTindel4273R：GAATGTAAGCCATGCCCTCTF：TTCCTACCATTTGTTGCCTCindel4273aR：AATGAAGAGGCAACAAATGGF：TTTTTTATCAAATCCAAATGTGindel4273bR：GTGGTTAAAGGGATTATGTCTF：TGCGAATAGGATTGAGGTindel4274R：TTGAGGGAATGAAATATGCTAF：TTGTTTATCGAATTGGGTTTindel4305R：GTAAACTCATTAAATTATGCTTGF：TGCTTTACTCCGATTCTTCindel4305aR：GTTACTTGGGCTTCCAGACAF：CCCCCAGAGAAATAGAGAGTTindel4307R：AGAAATCCGATCCTTACCACF：TGTTATCCCGTGGGTCTTindel4311R：AAACTGATAAACTTGGAGATTGF：GACGCCTACCGAACTACAindel4334R：ATACTATGAGGTGAAGGATTTAAF：GTATCTTCTACATTATCTTTCGTGindel4336R：CTCGTCGTCTATCGGTGTTF：GGGGTTTACTTGATTGGGA附表2 SNP、InDel引物设计（续）-1引物名称正向引物序列反向引物序列indel4341R：AGTCGGAAAATTCATTCATATF：GAGCTTACAGTTTTTGGTTTTindel4346R：GTTCACGGGATTAAGTCATGF：CAACGGCAAAAAATTATTATAindel4348R：GCTTATGCTCAGGGTCGTF：TTTTGATTTAAGTTATTATTTTCCAindel4349R：CAATCCATTTCAATTTTTCTGF：TTATTTTACCCCTACCCCATindel4362R：TTGAGGTTCGTTTTGGTATF：TTCAATTTTATCTCTTGGTCCindel4362aR：ACAAGTTAACAGATTTTCAAAGTF：GCTTGTAATTTGTTTTTTATGAAindel4371R：TTATTGTGTTTCTGTGCGTACF：CCAAATTATCGTTCACTGCTndel4372R：TTTGAAAACACCCTTGAATGF：TGGTTCCTGAGTGGGTAAAGindel4374R：TCAGTGACTTCGGCGTATTF：AGTTCAATCAATCTCCCAAA附表2 SNP、InDel引物设计（续）-2

高分辨熔解曲线 （High Resolution Melting，HRM） 分析技术是近年来国际上兴起的一种最新的应用于基因突变检测和 SNP 分析的方法。因为所用的荧光染料只能嵌入并结合到双链 DNA 上，因此利用实时 PCR 技术，就能通过实时检测双链DNA 熔解过程中荧光信号值的变化，将 PCR 产物中存在的差异以不同形状熔解曲线的方式直观地展示出来，并且可以借助于专业的分析软件对测试群体实现基于不同形状熔解曲线的基因分型或归类 （殷豪等，2011）。高分辨熔解 （HRM） 曲线分析技术具有三个突出的优势：一是高通量、高灵敏度、高特异性、低成本且不受检测位点的限制；二是操作简单、快捷、节省时间成本；三是闭管操作，无污染且 DNA 不受损伤，熔解分析后还可以进行凝胶电泳或测序分析。在 LightCycler ? 480分析仪上一次可以完成96个或348个样本的分析，从反应开始到数据生成仅需要90～120 min。目前HRM技术在果树的种质鉴别和基因分型研究中已有应用。吴波等 （2012） 引入高分辨率熔解曲线分型技术对柑橘进行SNP 分型；Ganopoulos等 （2013） 利用 HRM 技术对9个甜樱桃基因上的 SNP 位点进行分析，成功的实现了对21 个甜樱桃品种的鉴别，准确率达到 99.9%；Distefano 等 （2013） 第一次将HRM技术应用于对柑橘品种 SNP 及 InDel的检测，并利用21 个 SNP标记实现了对柑橘不同品种的区别。分子标记辅助选择育种 （marker assisted selection，MAS） 作为一种高效的现代分子育种技术，已被广泛应用于作物品种选育和遗传改良。它是利用与目标基因紧密连锁的分子标记，来鉴定不同个体的基因型，从而进行辅助选择育种。与通过表现型间接对基因型进行选择的传统育种方法相比，MAS具有更大的信息量，能有效结合基因型与表型鉴定结果，更加高效和准确，避免选育过程中的盲目性和不可预测性，能够将育种时间从传统的十几年缩短到几年时间，从而显著提高育种效率。分子标记对目标性状鉴定的准确性是影响分子标记辅助选择效率的一个重要条件。本试验利用HRM分析技术对上一章节所开发的SNP 和InDel标记进行筛选和验证，以获得与抗炭疽菌叶枯病基因 R gls位点紧密连锁的SNP 及InDel标记，对抗病基因进行精细定位，缩小抗性基因位点的区域范围，为基因克隆提供数据。同时利用筛选出的4 个与 R gls基因位点紧密连锁的分子标记对50 个苹果栽培品种和品系进行准确性鉴定，以验证分子标记的可靠性。选择青岛农业大学苹果试验基地 （山东省胶州市） 2009 年种植的，经过人工离体接种鉴定的 ‘金冠’ב富士’ 的F1 杂交群体207株实生树为材料用于验证 SNP、InDel标记及进行抗炭疽菌叶枯病基因的精细定位。所用群体与第三章SSR标记的开发与遗传定位为同一群体。选择该试验基地栽培的 50 个田间栽培品种和品系做为试材，经人工离体接种鉴定并提取DNA，用于分子标记准确性的验证。同第三章。用于引物设计的SNP 和 InDel位点来源于第四章中所筛选出的位于第15条染色体上3.9～4.9 Mb候选区域的18 个 SNP 位点和30 个InDel位点。从网站 https：//www.rosaceae.org/gb/gbrowse/malus_x_domestica/下载位于SNP 和InDel位点上游150 bp和下游150 bp距离内的contig 序列用于引物设计。引物设计的主要参数为：产物大小60～150 bp；引物退火温度 （Tm） 在 55～65℃，且上、下游引物 Tm相差不大于 2℃；引物 GC （%） 含量为 45%～55%，引物大小在60～160 bp。引物序列 （附表 5-1）。所有引物由生工生物工程 （上海） 股份有限公司合成。PCR扩增和高通量熔解曲线分析在 LightCycler ? 480Ⅱ荧光定量PCR 仪 （Roche） 上进行。反应试剂来自 LightCycler ? 480 High Reso-lution Melting Master试剂盒。反应体系为15 μl，内含10 ng/μl的基因组 DNA 1.0 μl，1×Master Mix 7.5 μl，2.0 mmol/L MgCl2 1.5 μl，左右引物为 0.2 μmol/L各0.5 μl。PCR扩增程序为95℃预变性10min，然后按95℃变性10min，55℃退火15s，72℃延伸10s的程序进行45个循环。在PCR循环结束后，立即对扩增产物进行HRM检测，程序为：95℃1min，40℃1min，65℃1s，在65℃升温至95℃的过程中，以25次/℃的频率收集荧光信息，最后降温至40℃。高分辨率熔解曲线分析用LightCycler?480的Gene Scanning软件（1.5version）进行。用18对 SNP 及30对InDel引物在亲本和抗感基因池中筛选，将出现不同分型的引物在分离群体上进行验证，以确定该标记是否与目的基因连锁。将筛选的多态性标记在重组个体上的基因型表现与重组个体的抗病表型进行统一分析，对抗炭疽菌叶枯病基因 R gls位点进行精细定位，缩小抗性基因位点的范围。为后续的候选基因筛选及图位克隆提供准确的信息。将进一步缩小的R gls位点区域内的基因进行统计并进行同源比对和GO功能富集分析，以筛选该区段内可能与抗病相关的候选基因。SSR标记的PCR产物利用3.5%的琼脂糖凝胶电泳进行标记基因型鉴定。SNP 和InDel标记利用HRM技术进行基因分型鉴定。通过对设计的引物进行 BSA 筛选，获得了与 Rgls基因位点连锁的6个SNP 及5个 InDel标记，分别为 SNP3955、SNP4236、SNP4257、SNP4299、SNP4336、SNP4432 和InDel4199、InDel4227、InDel4254、InDel4305、InDel4334。在6个SNP 位点中有A/G、G/A、T/C和C/G四种变换形式，其中发生A/G转换的占50.0%，发生G/A转换，T/C转换，C/G颠换的各占16.7%（表5-1）。引物名称引物序列序列长度参考碱基突变碱基位置SNP3955R：CCCTTAAAAGCCATGGAAGAGF：GTTCTGCATAAAAACCTCGCA133AGchr15∶3，955，630-3，955，763SNP4236R：GCTTATCATAAAAAGCAAGACCACF：ATCATATAATTGTGTAATTTAGTAGAACA114AGchr15∶4，236，220-4，236，353SNP4257R：GGAGTCATAAGCCACAACGAGF：TCAGCTTTGAAGCATCCAATT145GAchr15∶4，257，141-4，257，286SNP4299R：GGTTATACATAGAGGCACTTAGAGCF：GCACAAAACTTAGATCAAAGATGAG135TCchr15∶4，299，179-4，299，314表5-1 SNP、InDel引物筛选引物名称引物序列序列长度参考碱基突变碱基位置SNP4336R：AGTTCGTTCTTTTCCGTTGCTF：GCGGTCCTGATTCAGGTACAG133CGchr15∶4，336，382-4，336，515SNP4432R：CGAGGAGCAAACGATAGTCAGF：ATTGGTCTCCGAATTAGAAGTCC137AGchr15∶4，432，529-4，432，666indel4199R：ATTGTGAAACCTTGATTGGGF：GAGATTATCCTTATTTTGTGGG156AAAGchr15∶4，198，916-4，199，072indel4227R：AGCGTTGCTATGCTTCTAATGF：AAGATGGAAATGGTATGTGAT81TTCchr15∶4，227，569-4，227，650indel4254R：ATAAAGTCACTTCTAGCACAAATAF：CGAAAAACGCTTTACTTAGG119GGCchr15∶4，254，896-4，255，015indel4305R：GTAAACTCATTAAATTATGCTTGF：TGCTTTACTCCGATTCTTC134CCCAchr15∶4，305，342-4，305，476indel4334R：ATACTATGAGGTGAAGGATTTAAF：GTATCTTCTACATTATCTTTCGTG115TTAchr15∶4，334，597-4，334，712表5-1 SNP、InDel引物筛选（续）-1将获得的11个标记在207 株 F1 群体上检验其与抗炭疽菌叶枯病基因的连锁情况，结果表明，这11 个标记的扩增子熔解曲线形状明显不同，可据此区分抗病型和感病型植株 （附图5-1）。将从全基因组重测序中筛选出并经群体验证的与 R gls位点紧密连锁6个SNP 及4个InDel标记 （InDel4305标记在染色体上的物理位置与遗传位置不符，未用于精细定位分析），加上1 个 SSR标记，共11个标记与重组个体基因型及表型进行分析。结果显示，InDel4227、SNP4236和InDel4254标记与基因Rgls位点共分离，没有重组个体。标记InDel4199有一个重组个体 S29 和标记 SNP4257 有两个重组个体R16和R31，这三个关键的重组个体将基因 Rgls位点定位于 InDel4199和SNP4257 两标记之间，物理距离由 500kb 缩小为 58kb （附图5-2）。按照基因位置信息从蔷薇科基因组网站 GDR下载基因组15 号染色体4.1～4.3 Mb内基因45个。通过perl脚本整理基因组GFF文件，BLAST同源比对NR数据库，选取最优比对结果。获得目的区段内的45个基因，其中5 个基因功能未知，2 个为转录因子，另外40 个基因均有明确的注释信息 （表5-2）。序号MDP号码同源基因1MDP0000180944生长素诱导蛋白15A2MDP0000205434非病原性诱导蛋白3MDP0000148158生长素诱导蛋白15A4MDP0000177664蛋白酶体beta亚基5MDP0000177665转录共抑制因子LEUNIG6MDP0000215349转录共抑制因子LEUNIG7MDP0000664885抗烟草花叶病毒蛋白N8MDP0000877582抗烟草花叶病毒蛋白N9MDP0000200748转录因子10MDP0000481972抗烟草花叶病毒蛋白N11MDP0000481973抗烟草花叶病毒蛋白N12MDP0000381897转录因子13MDP0000297052抗烟草花叶病毒蛋白N14MDP0000700563黄瓜素15MDP0000242744阳离子运输调控蛋白216MDP0000551192阳离子运输调控蛋白217MDP0000242745转录因子18MDP0000153007来自转座子TNT1-94的反转录病毒Pol多肽蛋白19MDP0000130036未知功能转录因子20MDP0000199184未知功能转录因子21MDP0000489432三角状五肽链重复包含蛋白22MDP0000318360类LRR丝氨酸/苏氨酸受体蛋白激酶23MDP0000247898类LRR丝氨酸/苏氨酸受体蛋白激酶表5-2 区段内基因同源比对结果序号MDP号码同源基因24MDP0000811774核糖核酸酶H2亚基B25MDP0000309446未知功能线粒体蛋白26MDP0000272143单尿苷绑定蛋白1B；与mRNA3’-UTR绑定27MDP0000871880脱水响应蛋白RD2228MDP0000272145酪蛋白激酶Idelta小体29MDP0000167752结构域包含蛋白3430MDP0000167753核糖核酸酶H2亚基B31MDP0000596125核细胞溶解酶TIA-1小体32MDP0000201427拓扑异构酶I33MDP0000149447脱水响应蛋白RD2234MDP0000596128酪蛋白激酶Ideta小体35MDP0000201428UDP-糖转运蛋白36MDP0000201429环核苷酸离子通道蛋白1437MDP0000255274环核苷酸离子通道蛋白1438MDP0000120033丝氨酸精氨酸富集剪接因子。39MDP00001695343-酮脂酰-CoA合酶640MDP0000203647细胞分裂素-O-葡糖基转移酶341MDP0000864010鼠李糖生物合成酶142MDP0000279973肌氨酸氧化酶43MDP0000178030未知蛋白44MDP0000289536肌氨酸氧化酶45MDP0000272940转录因子WRKY11表5-2 区段内基因同源比对结果（续）-1为了对基因功能做进一步分析，提取区段内基因的 GO （gene on-tology） 信息，采用基因功能GO分类网站WEBGO （ http：//wego.ge-nomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl） 进行基因分类。结果显示，这40个基因在细胞组成上涉及到4 个 GO 分类，包括细胞、细胞组分、细胞器组成以及大分子复合体的组成；在分子功能方面，该区段内基因涉及到电子传递、转运蛋白、水解、绑定、催化以及物质传递6 个GO分类；在生物过程方面，该区段内基因涉及到免疫过程、生物调控过程、细胞过程、色素沉着过程、程序性死亡过程、代谢过程、响应刺激过程、定位以及定位确立9个生物过程 （附图5-3）。经离体接种鉴定，50 个作为分子标记准确性鉴定材料的品种（系） 中有33 个抗病品种 （系） 和17 个感病品种 （系）。从与抗炭疽菌叶枯病基因紧密连锁的分子标记中挑选出4 个有代表性意义的分子标记SSR标记S0405127，S0304673，SNP 标记 SNP4236，InDel标记InDel4254作为鉴定标记。其中SSR标记 S0405127 与基因 Rgls位点的遗传距离为 0.5cM，S0304673 的遗传距离为 0.9 cM （见第三章），标记SNP4236和 InDel4254与目的基因共分离。鉴定结果显示，SSR标记 S0405127，S0304673，SNP 标记 SNP4236，InDel 标记 In-Del4254 鉴定抗感品种 （系） 的准确率分别为 90.0%，94.0%，98.0%，96.0%。在基因型与表型鉴定结果中，不相符的个数分别为5个，3个，1个，2 个。这 4 个分子标记鉴定结果的准确率均达到90%以上，可以应用于田间栽培品种、品系、种质资源以及杂种后代幼苗对炭疽菌叶枯病抗性的鉴定 （表5-3）。序号品种/系表型S0405127S0304673SNP4236InDel42541海棠RRSRR2斗南RRRRR3福丽RRRRR4福艳RRRRR5红勋1号RRRRS6华帅RRRRR7鲁加1号RRRRR8鲁加2号SSSSS9鲁加4号RRRRR10鲁加6号RRRRR11旭RRRRR12早杂1号RRRRR13威赛克旭RRRRR14五月金RRRRR15早翠绿RRRRR表5-3 四个分子标记对苹果栽培品种和品系的抗病性的鉴定结果序号品种/系表型S0405127S0304673SNP4236InDel425416国光RRRRR17霞光RRRSS18烟富1RRRRR19福早红SSSSS20嘎拉SSSSS21金冠SSSSS22秦冠SSSSS23华硕RSRRR24瑞丹SSSSS25乙女RRRRR26王林RSRRR27青农红SSSRR28秦冠SSSSS29瑞红SSSSS30赛金RSRRR31红肉1号RRRRR32双阳红SSSSS33望山红RRRRR34新红星RRRRR35青冠RRRRR36弘前富士RRRRR37富士RRRRR387C-102RRRRR39N2SSSSS40PinavaRRRRR417C-35SRRSS4295-161RRRRR4395-231RRRRR4495-232SSSSS4595-32RRRRR4695-93RRRRR477C-104SSSSS487C-105SSSSS497C-106SRRSS507C-107SSSSS表5-3 四个分子标记对苹果栽培品种和品系的抗病性的鉴定结果（续）-1精细定位通常采用的方法是侧翼分子标记法，对于有参基因组植物来说，就是根据对目的基因的初步定位结果，选择位于目的基因两侧的分子标记之间的碱基，用于设计合适的分子标记。筛选出的与目的基因连锁的分子标记，通过鉴定更大的群体来确定发生交换的重组单株，最终找到与目的基因紧密连锁的分子标记，从而实现对目的基因的精细定位。精细定位是图位克隆策略中重要的一步，可以通过开发新的分子标记，整合原来已有的遗传图谱来进行图谱加密，以实现对目的基因的精细定位。本研究利用全基因组重测序技术开发出的 SNP 及 InDel标记，结合Rgls基因初步定位结果，选出在 Rgls基因两侧的 SSR 标记 S0304673和S0405127之间的SNP 和InDel标记，通过HRM曲线分析技术对18个SNP 位点和30 个 InDel位点进行了分析，筛选出6 个 SNP 及5 个InDel标记与Rgls基因位点紧密连锁。并选择其中的10 个标记用于Rgls基因位点的精细定位。标记InDel4227、SNP4236和 InDel4254表现出与R gls基因位点共分离。由于所用群体规模的限制，所以筛选出的SNP 及InDel标记仍无法对R gls基因位点进行真正意义上的精细定位。由于现有的金冠苹果基因组数据库中可能存在组装错误，所以在对定位区域内的基因进行分析中，扩大 R gls基因位点区域。对苹果第15条染色体4.1～4.3 Mb距离内的基因进行统计分析，结果表明在该区段存在40个有功能注释的基因，涉及到细胞组成方面，分子功能方面，生物过程方面共18个GO分类。在细胞组成层面上，参与细胞组成的基因，一般是由主效基因或寡基因控制的质量性状，是个体保持组成性抗性的基础，影响着品种的垂直抗性。在分子功能层面上，植物个体抗性与电子传递、转运蛋白、水解、绑定、催化以及物质传递等生物过程密切相关。例如，植物受到病原菌侵染后，体内会产生并积累一些次生代谢物质，如植保素、酚类、木质素、菇类等化合物，对病原菌产生抵抗作用 （Pirie and Mullins，1976）。植物次生代谢途径尤其是苯丙烷类代谢途径是与植物抗病性密切相关，许多抗菌物质 （包括酚类、类黄酮、绿原酸、酮类等） 的生物合成都是通过这条途径完成的 （RalPhL，1992；Cole R.A，1985）。在生物过程层面上，程序性死亡过程，响应刺激过程以及免疫过程与抗病机制密切相关。细胞程序性死亡 （programmed cell death，PCD） 是细胞死亡的两种基本类型之一，是细胞接受某种信号或受到某些因素刺激后主动发生的由基因调控的死亡过程。植物与病原菌互作过程中发生的过敏性反应 （hypersensitive reaction，HR） 是PCD 的重要表现形式之一，是植物抵抗病原菌入侵的早期重要抗性反应，对植物抗病性有着重要意义。在该区域内存在着4个编码WRKY转录因子的基因MDP0000272940、MDP0000242745、 MDP0000381897、 MDP0000200748 以及5 个 TIR-NB-LRR 家族基因 MDP000066488、 MDP0000877582、 MDP0000481972、MDP0000481973、 MDP0000297052。许多研究结果表明，当植物受到病原菌入侵或植食性昆虫取食植物后，植物体内的一些WRKY 转录因子的表达水平会随之发生改变 （Hui et al.，3003；Zhao et al.，2007）。Huang等 （2002） 研究了一个茄科植物的 WRKY 蛋白 STHP-64，发现其在低温胁迫下表达增强，Rizhsky 等 （2004） 发现拟南芥的 At-WRKY25蛋白与氧化胁迫下胞液抗坏血酸过氧化物酶的表达有关。Li等 （2006） 通过对WRKY70蛋白过表达的转基因植株和变异植株的研究，证明过表达拟南芥 WRKY70 蛋白的转基因植株能提高水杨酸（SA） 介导的抗病性，但降低茉莉酸 （JA） 介导的抗病性。2006 年Ryu等对水稻WRKY 转录因子在不同生物胁迫下的表达量变化进行了研究。结果显示在45 个水稻 WRKY 转录因子中有15 个 WRKY 转录因子可以被稻瘟病病菌 （ Magnaporthe grisea） 诱导表达，其中12个可以同时被水稻白叶枯菌 （ Xanthomonas oryzae Dowson） 诱导表达。在对防御反应相关的信号分子对 WRKY 转录因子的影响的研究中发现OsWRKY10、OsWRKY82和OsWRKY85可以在经过茉莉酸诱导的叶片中表达，OsWRKY45 和 OsWRKY62 可以在经过水杨酸处理的叶片中诱导表达，OsWRKY30 和 OsWRKY82 可以同时被水杨酸和茉莉酸诱导表达，这说明WRKY 转录因子参与了植物的诱导防御反应。抗性基因 （R gene） 编码的蛋白大部分是 NB-LRR 蛋白，不同类别的 NB-LRR蛋白可以直接或间接的识别不同来源的病原菌效应子，从而激发相似的防御反应。这9个基因是人们重点关注的基因。进一步的基因功能研究及苹果与炭疽叶枯菌的分子互作机制研究将围绕着SNP 定位的5个候选基因及该区段内的相关基因展开。随着分子生物学技术的快速发展，特别是以DNA多态性为基础的分子标记技术在苹果育种中的应用，大大提高了目标性状早期选择的效率，缩短了育种周期，加快了新品种选育的速率。Tartarini 等（2000） 报道了利用获得的与抗苹果黑星病的显性单基因Vf紧密连锁的RAP D标记测验了携带该基因个体，淘汰错误率为3%，保留错选率仅为 0.02%。Cheng等 （1996） 利用与控制果色的Thd01基因紧密连锁的RAP D标记，在苹果实生苗发育早期进行了标记筛选，实现了对果色这一特定性状的早期选择，大大减少了人力物力的浪费。苹果柱型性状有利于形成集约高效的现代苹果栽培模式，能够降低生产成本，提高产量。Moriya等 （2012） 所得到的 3个与控制苹果柱型性状Co基因共分离的标记 Mdo.chlO.12、Mdo.chlO.13 和 Mdo.chlO.14，对于柱型苹果杂交育种中对群体材料的早期选择、基因的克隆及转化有着重要意义。王彩虹 （Wang caihong，et al.，2011） 通过SCARs标记和SSR标记对控制梨矮生性状基因 PcDw 进行了基因定位，对梨矮化育种有着重要的意义。随着不同果树基因组测序的完成，在果树方面陆续开展了相关 SNP 芯片研发和利用。Chagne等 （2012） 对27 个苹果品种进行低深度重测序检测并确认全基因组范围的 SNP，开发了苹果 8 K 的 SNP 芯片，可用于苹果幼苗大规模检测，这将会促进标记—位点—性状之间关联性的发现，进一步阐明质量性状的遗传结构特性，推动遗传变异研究。本实验利用四个紧密连锁的分子标记 S0405127、S0304673、SNP4236和 InDel4254对50个田间栽培品种和青岛农业大学选育出的优系进行了抗炭疽菌叶枯病的基因型鉴定，并结合其抗病的表型鉴定对四个标记的准确性进行了分析。结果表明四个标记的准确率分别为90.0%，94.0%，98.0%和96.0%，可以有效的应用于分子标记辅助育种。在第三章的研究结果中，SSR标记S0405127 与基因Rgls位点的遗传距离为0.5cM，而S0304673 的遗传距离为0.9 cM，理论上标记S0405127与抗性基因位点连锁的更紧密，准确性应该更高，而在品种群体验证中，标记 S0304673 鉴定抗感品种 （系） 的准确率为94%，而标记S0405127的准确率为90%。在利用重组个体对基因Rgls位点进行精细定位中，SNP4236 和 InDel4254 标记与目的基因共分离，在品种的群体验证中应该显示100%的准确性，但实际上还是有1～2个表型鉴定与基因型鉴定不符的个体。这种现象存在的原因一是可能由于用于鉴定的品种或品系数量有限，导致了结果的偏离。二是标记S0405127的条带显示为有和无的差异，在电泳时有可能存在读带误差。三是在对做图群体进行表型鉴定中，可能存在表型鉴定误差，导致遗传距离计算的偏差。四是在精细定位中，需要应用更大的群体筛选重组的单株以完成对目标基因的精细定位。而由于实验材料的限制，所用群体规模不是很大，所以可能导致定位结果的误差。这些问题尽管在实验中是不可以避免的，但是在以后进行更精细的遗传定位研究中，以更大规模的群体和更严谨的实验操作来进一步验证，可以减少这些误差的产生，提高遗传作图的精度。